Oxford Nanopore объявляет цены на проточные ячейки MinIon, поскольку пользователи публикуют новые данные и приложения свою программу раннего доступа для большего числа пользователей.
Тем временем клиенты с ранним доступом продолжают публиковать отчеты, как в виде препринтов, так и в виде статей в академических журналах, с приложениями, варьирующимися от полноразмерного секвенирования кДНК для анализа изоформ до быстрого секвенирования патогенов.
Компания Oxford Nanopore сообщила в прошлом месяце, что планирует сделать секвенатор MinIon коммерчески доступным в рамках программы доступа MinIon. Клиенты должны присоединиться к MAP, которую фирма описывает как «программу доступа в стиле разработчика», и заплатить взнос в размере 1000 долларов США, который включает в себя устройство MinIon MkI и стартовый набор с тремя проточными кюветами, двумя наборами реагентов, программным обеспечением и « постоянные прерывистые бесплатные поставки».
В прошлом месяце компания выпустила MinIon MkI, обновление первой версии MinIon, в котором улучшена производительность и простота использования, включая улучшенный контроль температуры и улучшенный способ крепления проточных ячеек.
Пользователи могут приобретать дополнительные проточные кюветы в наборах по 1, 12, 24 или 48 штук по цене от 500 до 900 долларов за проточную кювету, в зависимости от количества приобретаемых одновременно проточных кювет.
Oxford Nanopore не указывает максимальный выход каждой проточной кюветы, который увеличивается в новых версиях. Время выполнения не является фиксированным, поэтому выходные данные зависят от продолжительности выполнения. В прошлом году компания заявила, что ее внутренний рекорд составляет 1 гигабаза на проточную кювету, а некоторые пользователи достигли более 500 мегабаз на проточную кювету.
В прошлом месяце компания заявила, что планирует ввести опцию быстрого режима, которая увеличит объем данных в десять раз, до 40 гигабаз для MinIon MkI.
В настоящее время компания поддерживает ряд приложений для MinIon, включая геномную ДНК, кДНК и секвенирование ампликонов, но поощряет пользователей разрабатывать протоколы для новых приложений.
Новые данные о клиентах
За последний месяц клиенты с ранним доступом пополнили растущий список публикаций MinIon, включая такие приложения, как полноразмерное секвенирование кДНК и быстрое типирование патогенов.
Группа под руководством Брентона Гравели из Медицинского центра Университета Коннектикута, например, в прошлом месяце опубликовала исследование сервера препринтов BioRxiv , в котором она использовала MinIon для секвенирования кДНК четырех генов дрозофилы . Они идентифицировали почти 8000 полноразмерных изоформ, экспрессируемых этими генами.
Ранее исследователи использовали технологию Pacific Biosciences для секвенирования полноразмерных изоформ кДНК, но «большие капитальные затраты на эту платформу могут стать непреодолимым барьером для некоторых пользователей», отмечают авторы, в то время как MinIon «требует небольшого начального финансовых вложений, может генерировать очень длинные считывания и может произвести революцию в характеристике транскриптома, а также в других областях геномики».
«Мы ожидаем, что нанопоровое секвенирование целых транскриптомов, а не целевые гены, как мы сделали здесь, станет быстрым и мощным подходом к характеристике изоформ, особенно с улучшением производительности и точности технологии, а также упрощением и/ или устранение длительной подготовки библиотеки», — заключили они.
Другие группы сообщили об использовании MinIon для экспресс-анализа патогенов. Исследователи под руководством Ника Ломана из Бирмингемского университета, например, опубликовали исследование в Genome Biology в прошлом месяце, в котором они использовали как MinIon, так и Illumina MiSeq для расследования вспышки Salmonella enterica в больнице, проекта, который они кратко упомянули в прошлом году.
Оба подхода, заключили они, «получили надежную и полезную клиническую информацию о вспышке Salmonella менее чем за полдня», что «может облегчить проведение более информированных эпидемиологических исследований и повлиять на практику инфекционного контроля».
Другое исследование, проведенное Чарльзом Чиу из Калифорнийского университета в Сан-Франциско и опубликованное0025 Сервер препринтов BioRxiv в этом месяце посвящен быстрой идентификации вирусных патогенов в клинических образцах. Чиу сообщил об этом проекте на конференции в прошлом месяце.
Его группа обнаружила вирус чикунгунья, вирус Эбола и вирус гепатита С в четырех образцах крови человека с помощью секвенатора MinIon и веб-конвейера для биоинформатического анализа в реальном времени под названием MetaPore. Они смогли обнаружить вирусы в течение от четырех до 40 минут после сбора данных, а время обработки от образца до ответа составило менее шести часов.
«Эта технология будет особенно желательна для проведения геномного анализа по месту оказания медицинской помощи в развивающихся странах, где критически важные ресурсы, включая надежную электроэнергию, лабораторные помещения и вычислительные мощности серверов, часто сильно ограничены», — написали они. «Поскольку выход, качество и сроки выполнения секвенирования продолжают улучшаться, мы ожидаем, что технологии третьего поколения, такие как секвенирование с нанопорами, бросят вызов основам клинической диагностики, таким как ПЦР и [транскрипционно-опосредованная амплификация], воплощая мечту о беспристрастном, точечном тест на инфекционные заболевания».
Другая группа, возглавляемая Мэтью Купером и Лахланом Коином из Университета Квинсленда в Брисбене, Австралия, в прошлом месяце опубликовала информацию об использовании MinIon для типирования штаммов в реальном времени и анализа устойчивости к антибиотикам, также на сервере препринтов BioRxiv . Они смогли идентифицировать виды и штаммы бактерий менее чем за час после секвенирования, разработать начальные профили лекарственной устойчивости в течение двух часов и полные профили устойчивости в течение 12 часов. «Мы ожидаем, что эти устройства и связанные с ними методы анализа могут стать полезными клиническими инструментами для проведения соответствующей терапии в критических по времени клинических проявлениях, таких как бактериемия и сепсис», — написали они.
fastq — Могу ли я извлечь проточную кювету MinION из USB-порта при выполнении базового вызова?
спросил
Изменено 13 дней назад
Просмотрено 565 раз
$\begingroup$
Можно ли извлечь проточную кювету MinION из USB-порта при выполнении базового вызова? Поскольку это занимает много времени и невозможно дождаться завершения, повлияет ли это на бейсколл?
$\endgroup$
$\begingroup$
Можно, потеряете передачу от Миньона.
Вероятно, было бы лучше просто остановить бег. Компьютер будет продолжать базовый вызов, пока это не будет сделано. Все необработанные чтения хранятся локально на машине, поэтому все должно быть в порядке.
$\endgroup$
$\begingroup$
Да, все должно быть в порядке, особенно если прогон закончен. MinKNOW должен по-прежнему продолжать базовый вызов даже после отключения MinION. К сожалению, я не могу найти хороших сообщений об этом в сообществе ONT, потому что поиск в настоящее время не работает. Этот пост может быть полезен (найдено при поиске в моей электронной почте), но ему уже два года:
Привет, спасибо за ваш пост. Конечно, вы можете снять проточную кювету и промыть ее, не влияя на режим наверстывания. Пожалуйста, посетите страницу загрузок здесь для получения самой последней версии установщика.
— Монолина Бинни, ONT
Если в будущем вы, вероятно, будете выполнять более длительные прогоны (> 6 часов), я бы порекомендовал приобрести дешевую видеокарту с поддержкой CUDA (по крайней мере, v10), чтобы сэкономить время в будущем.