Альтернативные положения
Альтернативные положенияНазад
Задание.1
На данном этапе нужно было определить, какое из альтернативных положений остатка аргинина 39 наиболее стабильно в данной структуре белка
PDB_ID: 3Q3Y
Попробуем понять по числу возможных контактов, какое альтернативное положение будет в приоритете, а потом посмотрим на PDB-файл и что там cказано про эти положения
Красным цветом обозначаю водородные связи, синим — ионные взаимодействия (солевой мостик)
Рис.1. Взаимодействия аргинина 39 в положении «А»
Здесь можно наблюдать водородную связь между азотом NE аргиниа и кислородом OE1 глутамата 61.
Рис.2. Взаимодействия аргинина 39 в положении «B»
В данном случае можно выделить взаимодействие азота NE аргиниа с кислородом OE1 глутамата 71. по критериям она подходит под водородную, хотя и длина почти предельная. Также возможно взаимодействие с молекулой растворителя. Можно ещё выделить солевой мостик с заряженной отрицательно группой глутамата 71. При этом ещё возможных связей не удалось обнаружить. Можно было бы предположить взаимодействие с аспарагином 69, но здесь или длина выходит слишком большая, или угол очень неприятный
Таким образом, по числу возможных контактов лидирует аргинин 39 в положении «A», следовательно, можно предположить, что такое положение самое распространённое для данной структуры. Что же скажут данные из файла PDB?
Рис.3. Данные PDB-файла об остатке аргинина 39
Можно заметить, что у атомов с альтернативным положением «А» населённость составляет 0.69, а у атомов с альтлоком «B» — 0.31. Таким образом, ячеек в кристалле с атомами в положении «А» больше всего, что собственно и соответствуе предположениям, полученным в результате анализа структуры.
Задание.2
В данном задании нам нужно будет раскрасить молекулу белка по B-фактору, сначала остов, затем остатки, и определить как распределение B-фактора связано с картой эдектронной плотности.
Рис.4. Раскраска атомов остова по B-фактору
B-фактор показвает смещение атомов от их среднего положения в кристаллической структуре, по сути показывает уровень подвижности атомов. Синий цвет — наименее подвижные, белый — средней подвижности, красный — наиболее подвижные.
По приведённым выше изображениям можно заметить, что беловатые и красные участки, т.е. наиболее подвижные, располагаются больше на периферии белка, а синие и тёмно-синие, т.е. наименее подвижные — наоборот, больше внутри глобулы. Это вполне можно объяснить, что участки остова во внутренней части глобулы более стабилизированы взаимодействиями друг с другом и более «скованы» в своих движениях. На переферии же есть больше свободы для двежиния, поэтому вполне возможно это одна из причин того, почему белые и красные части остова в основном расположены снаружи от глобулы.
На следующем этапе по В-фактору также были раскрашены ещё и остатки помимо остова, при этом с отображением карты электронной плотности на 3-х уровнях подрезки. Параметр carve был выбран = 1.5
Стоит отметить, что при полном отображении молекулы огромная «масса» электронной плотности сильно уменьшает видимость, поэтому с целью лучшего отображения был выбран небольшой ярко окрашенный участок, на котором очень хорошо видно, как изменяется покрытие электронной плотностью при увеличении уровня подрезки.
Рис.5. Раскраска по B-фактору вместе с картой электронной плотности на уровне подрезки 1
Рис.6. Раскраска по B-фактору вместе с картой электронной плотности на уровне подрезки 2
Рис.7. Раскраска по B-фактору вместе с картой электронной плотности на уровне подрезки 3
Можно заметить, что с красных участков на более ранних уровнях подрезки начинает понемногу пропадать отображение электронной плотности, в виду их выскокой подвижности, вследствие чего возникает размытие электронной плотности, и из-за неопределённости расположения ЭП сигнал слабеет.
Задание.3
Белок при анализе его РСА находится не в вакууме или растворе, а в кристалле, и на данном этапе нам нужно восстановить его кристал.
Рис.8. Отображение кристалла белка
Данное отображение было получено при уровне подсечки в 100 ангстрем, и здесь можно увидеть расположение белка в кристалле. Посмотрим же, сколько молекул непосредственно контактирует с исходной молекулой нашего белка. Чтобы лучше видеть зоны контаков был выбран режим surface.
Исходный белок (выделен красным цветом) непосредственно контактирует с 8 молекулами.
Всего удалось обнаружить примерно 4 уникальные по строению зоны контактов.
Рис.10. Зона контакта 1. Красный — исходный белок, серый — сосед
Вполне возмонжо, что область контакта 1 поддерживается водородными и ионными взаимодействиями.
Рис.11. Зона контакта 2. Красный — исходный белок, болотный — сосед
В области контакта 2 также возможно удерживание водородными связями, но выглядет не очень прочно, возможно имеются другие взаимодействия.
Рис.12. Зона контакта 3. Красный — исходный белок, цианистый — сосед
В данном случае зона контакта 3 довольно обширная, наблюдается довольно немалое число предполагаемых водородный и ионных связей, при этом также вполне возможно наличие и гидрофобных взаимодействий.
Рис.13. Зона контакта 4. Красный — исходный белок, жёлтый — сосед
В данном же случае больше похоже на то, что контакт поддерживается гидрофобными взаимодействиями.
Об этом вполне свидетельствуют два близко расположенных лейцина, боковые радикалы которых являются гидрофобными
Рис.14. Лейцины (серебристые) в зоне контакта 4
Как по мне, то такие взаимодействия в той или иной степени могут существовать помимо кристалла и в природе, но более реалистичной в этом плане мне кажется зона контакта 3. Остальные также могут быть, но наверное менее вероятно.
© Иззи Антон,2020
Раскраски Реальная белка. Сборник раскрасок «Реальная белка»
В сборнике «Реальная белка» мы собрали для Вас самые лучшие раскраски в кол-ве: 8 шт. Реальная белка можно распечатать (например в формате А4) или воспользоваться инструментом онлайн раскраски (просто нажмите на понравившуюся картинку и рисуйте).
В сборнике «Реальная белка» вы найдете следующие раскраски: Кардинал, Крот, Грейсон, Собачка из Реальной белки, Енот, Белочка Энди, Злюк, Бадди.
Как скачать или распечатать раскраску в хорошем качестве?1. Нажмите на интересующую раскраску и откроется редактор с раскраской в хорошем качестве.
2. Нажмите на значок .
3. Выберите действие: СОХРАНИТЬ или РАСПЕЧАТАТЬ.
4. Чтобы закрыть редактор — нажмите значок
(он слева сверху).
Реальная белка скачать или раскрасить онлайн на 8o8.ru — Онлайн раскраски для детей и взрослых. Если Вам понравились раскраски из сборника «Реальная белка», то обязательно расскажите о них своим друзьям. Для этого нажмите на пиктограмку Вашей соц. сети ниже:
Реальная белка игра раскраска онлайн
Сборник раскрасок «Реальная белка» — это еще и онлайн игра. Вы можете выбрать любую картинку-раскраску из каталога и начать рисовать онлайн, без регистрации. Раскрашивайте, дорисовывайте, рисуйте — вы можете скачать, сохранить раскраску (картинку) в любой момент. Удобный интерфейс для игры в раскраски онлайн «Реальная белка» позволит быстро начать увлекательную и непростую игру.
Внимание! Все раскраски сборника «Реальная белка» вы можете распечатать на принтере и раскрасить карандашами, красками или фломастерами. Распечатать раскраску просто — нажмите на нужную картинку и потом на кнопку » распечатать».
Возможные опечатки в поиске онлайн раскраски: реальная белка, htfkmyfz ,tkrf
Раскраски для детей 1-2 года | Раскраски для детей 5 лет | Раскраски для детей 8 лет | Раскраски для детей 12-13 лет |
Раскраски для детей 3 года | Раскраски для детей 6 лет | Раскраски для детей 9-10 лет | Раскраски для детей 14-15 лет |
Раскраски для детей 4 года | Раскраски для детей 7 лет | Раскраски для детей 11 лет | Раскраски для 16 лет (16+) |
Смотрите также
Тачки — молния маквин мэтр, и др. Тачки — молния маквин мэтр, и др.В сборнике «Тачки — молния маквин мэтр, и др.» мы собрали для Вас самые лучшие онлайн раскраски для мальчиков в кол-ве: 45 шт.
смотреть все 45 шт.
Робокар ПолиРобокар ПолиВ сборнике «Робокар Поли» мы собрали для Вас самые лучшие онлайн раскраски из мультфильмов в кол-ве: 20 шт.
смотреть все 20 шт.
Щенячий патрульЩенячий патрульВ сборнике «Щенячий патруль» мы собрали для Вас самые лучшие онлайн раскраски из мультфильмов в кол-ве: 20 шт.
смотреть все 20 шт.
Ну погодиНу погодиВ сборнике «Ну погоди» мы собрали для Вас самые лучшие онлайн раскраски из мультфильмов в кол-ве: 20 шт.
смотреть все 20 шт.
Южный Парк, Саус Парк, South parkЮжный Парк, Саус Парк, South parkВ сборнике «Южный Парк, Саус Парк, South park» мы собрали для Вас самые лучшие онлайн раскраски из мультфильмов в кол-ве: 20 шт.
смотреть все 20 шт.
Топ 25 бесплатных раскрасок с белками онлайн
Занятая белка цвет
Занятая белка цвет
Поиграй с намиПоиграй с нами
Я белкаЯ белка
Математические забавы с белкиМатематическое веселье с белками
Белка на ветке раскраскиБелка на ветке раскраски
Белка анимаБелка анима
Белка раскраска ардильяБелка раскраска ардилья
Белка-раскраскаБелка-раскраска
Белка-раскраска daБелочка-раскраска da
Белочка-раскраска осеньБелочка-раскраска осень
Белка-раскраска группаБелка-раскраска группа
Белочка-раскраска 9 Раскраска Белка Диснея Раскраска БелочкаРаскраска Белочка
Раскраска Белка СнейРаскраска Белка Сней
Милая белкаМилая белка
День солнечныйДень солнечный
Пара белокПара белок
Белка Раскраска ОрехБелка Раскраска Орех
Белка Раскраска ПрогулкаБелка Раскраска Прогулка
Раскраска Белка для ДетейРаскраска Белка Для Детей
Раскраска Белочка EcureuilРаскраска Белка Ecureuil
Цвет Веселая БелкаЦвет Счастливая Белка
Поймай МеняThe Catch Me
The Posing SquirrelThe Posing Squirrel
Squirrel — коричневая окраска. Белка — коричневая окраска
Рекомендуемые статьи:
- 10 удивительных морских животных. Животные раскраски для ваших малышей
- 10 тематических раскрасок про муравьев, которые понравятся вашему малышу
- 10 милых раскрасок с Микки Маусом, которые понравятся вашему малышу
- 5 милых раскрасок Angry Birds, которые понравятся вашему малышу
Занять ребенка в течение дня может показаться сложной задачей. Тем не менее, это не сложный подвиг. Как только ваш ребенок найдет какое-то занятие интересным, он обязательно будет очень занят.
Итак, какое занятие могло бы увлечь вашего малыша и научить его чему-то важному? Как насчет окраски?
Верно! Раскраски — отличный способ научить вашего ребенка интересным фактам, а также эффективно сделать его ежедневные академические уроки увлекательными.
Сделайте увлечение вашего ребенка раскрашиванием инструментом для обучения с помощью этих бесплатных картинок-раскрасок с белками.
Это может быть не только веселым занятием, но и эффективным методом обучения вашего ребенка животному миру, а также некоторым простым математическим навыкам!
Вот наша коллекция из 10 лучших раскрасок с белками, которые можно распечатать для вашего ребенка:
1. Занятая белка:
Это раскраска с белками на фоне новогодних елок.
- Белка раскалывает орехи и желуди.
- На этой странице много элементов для раскрашивания
- Вы также можете познакомить малыша с повадками белки.
2. Пара белок:
Эта раскраска очень интересная.
- Пара белок ловит рыбу на пруду.
- Улучшите навыки счета вашего ребенка, заставив его или ее сначала сосчитать количество белок, прежде чем раскрашивать страницы.
[ Читать: Раскраски Angry Birds ]
3. Математические развлечения с белками:
На этой забавной математической раскраске изображены белки и их любовь к орехам.
- С помощью этой раскраски можно усовершенствовать простые методы счета.
- Попросите ребенка раскрасить правильные пары, чтобы научить его правильно считать.
- Это веселое упражнение, в котором вы также можете участвовать со своим ребенком!
4. Милая белка:
Эта милая улыбающаяся белка станет отличной раскраской для ваших детей.
- Ваш ребенок может раскрасить ее, а позже вы можете помочь ему или ей приклеить под нее простую картонную вырезку и повесить ее в его комнате.
- Используйте его, чтобы дать ребенку задание, которое увлечет его на несколько часов подряд.
[ Читать: Животные зоопарка Раскраски ]
5. Сегодня солнечный день:
На этой странице раскраски изображена милая маленькая белка.
- Он собирает орехи в яркий солнечный день.
- Попросите вашего ребенка раскрасить эту страницу, а позже побалуйте себя чем-нибудь на свежем воздухе!
[ Читать: Раскраски Цифры ]
6.
Поиграй с нами! :Это красивая страница раскраски белки, которую вы можете поставить в качестве задания для вашего ребенка.
- Также есть бабочки и лесной фон.
- Помогите ребенку правильно распознать все предметы и раскрасить их нужными цветами!
7. Позирующая белка:
Эта раскраска с изображением белки может служить плакатом для комнаты вашего ребенка.
- Попросите их раскрасить страницу, и как только это будет сделано, помогите вашему ребенку разместить шедевр на стенах его или ее комнаты.
- Это даст вашему ребенку чувство выполненного долга. Это хороший способ наладить тесную связь с вашим малышом!
[ Читать: Раскраски Винни-Пух ]
8. Белка на ветке:
Это простая, но милая раскраска с белочкой, которую вашему ребенку очень понравится раскрашивать.
- Белка сидит на ветке с желудем в руке.
- Расскажите своему ребенку о различных видах белок, которые встречаются в мире, когда он закончит раскрашивать страницу.
- Это отличный способ познакомить вашего ребенка с животным миром.
[ Читать: Раскраски Муравей ]
9. Поймай меня! :
На этой раскраске изображена белка-летяга.
- Расскажите ребенку об этом виде белок.
- Когда он закончит раскрашивать, покажите ему другие картинки с белками, чтобы связать их.
10. Я белка:
Это простая раскраска белка.
- Пусть ваш ребенок раскрасит белку.
- Затем идите в сад, чтобы найти настоящих. Вашему ребенку понравится занятие!
[ Читать: Раскраски Минни Маус ]
Это были одни из лучших бесплатных раскрасок с белками. Мы уверены, что у вас тоже есть свой набор страниц. Мы будем рады, если вы поделитесь ими с нами!
ОТКАЗ ОТ ОТВЕТСТВЕННОСТИ: Считается, что все найденные здесь изображения находятся в «общественном достоянии». Мы не намерены нарушать какие-либо законные интеллектуальные права, художественные права или авторские права. Все представленные изображения имеют неизвестное происхождение. Если вы являетесь законным владельцем каких-либо изображений/обоев, размещенных здесь, и вы не хотите, чтобы они отображались, или если вам требуется соответствующий кредит, пожалуйста, свяжитесь с нами, и мы немедленно сделаем все необходимое либо для того, чтобы изображение быть удалены или предоставить кредит там, где это необходимо. Все содержимое этого сайта является бесплатным, и поэтому мы не получаем никакой финансовой выгоды от показа или загрузки каких-либо изображений/обоев.
Следующие две вкладки изменяют содержимое ниже.
Белка-раскраска — Etsy.de
Etsy больше не поддерживает старые версии вашего веб-браузера, чтобы обеспечить безопасность пользовательских данных. Пожалуйста, обновите до последней версии.
Воспользуйтесь всеми преимуществами нашего сайта, включив JavaScript.