Олень по клеточкам в тетради: Рисунки по клеточкам «Олень»

Рисунки по клеточкам олень

Олени для жаккарда

Рисунки по клеточкам оленёнок

Олень пиксель

Японские кроссворды олени

Вышивка крестом олени

Рисунки по клеточкам

Олень по клеткам

Монохромная вышивка крестом схемы

Олень схема

Японские кроссворды Олененок

Силуэт оленя вышивка

Рисование по клеткам олень

Рисование по клеткам олень

Пиксельный олень новогодний

Олень Рудольф жаккард

Координаты для рисования животных

Рисунки по клеточкам черно белые

Схемы для вывязывания рисунков

Р̆̈й̈с̆̈ў̈н̆̈о̆̈к̆̈ п̆̈о̆̈ к̆̈л̆̈ӗ̈т̆̈о̆̈ч̆̈к̆̈ӑ̈м̆̈

Рисунки по клеточкам животные

Рисование по клеткам олень

Как нарисовать жирафика по клеточкам

Жаккардовый узор медведь

Вышивка олень

Детская вышивка крестом Олененок Бэмби

Рисунки по клеточкам животные

Рисование по клеточкам природа

Рисунки по клеточкам

Рисунки по клеточкам для подростков

Монохромная вышивка крестом

Рисование по клеточкам для детей

Рисование по клеточкам волк

Графические рисунки по клеточкам сложные

Рисунки по клеточкам бык

Милые рисуночки по клеточкам

Пиксельные рисунки новый год

Схемы рисунков по клеточкам

Рисование клетками по координатам

Рисование по клеточкам Дельфин

По клеточкам в тетради сложные

Пингвин по клеткам рисование

Рисунки по клеточкам новогодние лёгкие маленькие

Схема панды для вязания спицами

Рисование по клеточкам дед Мороз

Рисование по клеточкам собака

Графический диктант Олень — рисунок по клеточкам

«Олень — ветвистые рога, Куда ты мчишь, зовешь куда? Где Бог — свидетель, зверь-скакун И леса шум… Не уноси прекрасных ног, Я не охотник, не стрелок. Мой зверь лесной, мой добрый зверь, Постой, поверь… И он ответил: — Не могу, Я все волнуюсь, все бегу И выстрел жду я каждый день, Ведь я олень… Пусть мир и солнце всё вокруг, Но мы внезапны, как испуг, И обретаем красоту Лишь на лету…» (Бачурин Е.)

Не заснет никак Сережа, Он разглядывает лежа Тонконогого оленя На лужайке вдалеке — Тонконогого оленя Высоко на потолке. Он красивый, величавый, Он стоит, подняв рога, А вокруг темнеют травы, Расстилаются луга. Встал Сережа на коленки, Поглядел на потолок, Видит — трещинки на стенке, Удивился он и лег. Сказал на следующий день, Когда открыли шторы: — Я знаю, это был олень, Но он умчался в горы. (А. Барто)

Для копыт, колёс и ног Много сделано дорог. Ну, а если снег и сопки, Перевалы на пути, Где крутой звериной тропкой Не проехать, не пройти, Там всегда в метель и стужу Человеку верно служит Быстрый северный олень.

Что за странный олененок? Он решил, что он осленок. Повторял он целый день: «Я осел, я не олень!» И тогда сказала мама: «До чего же ты упрямый! Чуть с ума меня не свел. Может, правда, ты осел?»

Уйду за тридевять земель – Подумал северный олень, – Пойду туда, где хорошо, Где светит солнце и тепло, Где встречу добрых я друзей И сразу станет веселей! А-то я здесь стою один Среди болотистых трясин. (Новицкая М.)

«Ох, до чего же стало лень Носить рога!» — сказал олень. Он взял рога и отстегнул, Лёг и с улыбкою уснул. Подумал я: «Рога в цене!» Забрал их и прибил к стене. Они бодались, но зато — Теперь висит на них пальто! (Фрейфельд А.)

Рисуем по клеточкам жирафа. Графические диктанты (Рисование по клеточкам)

Рисование по клеточкам очень увлекательное и одновременно полезное занятие для детей. На сегодняшний день выполнение графических диктантов стало невероятно популярным занятием, которое завоевало сердца многих дошколят, а также выступило отличным помощником в подготовке вашего ребенка к школе. С помощью рисования по клеточкам графических диктантов малыш развивает навыки письма, так сказать, «набивает твердую руку». С помощью таких игровых занятий ребенок учится быть более внимательным, развивает логику, абстрактное мышление, усидчивость и кропотливость. Рисунок по клеткам в тетради учит ребенка ориентироваться в пространстве, а также помогает закрепить понятия вверх – вниз, вправо – влево. Математические диктанты, в качестве развивающей игры для детей, используют в различных местах: дома, на отдыхе, на море, на даче или на специальных дополнительных занятиях по подготовке ребенка к школе. Здесь самое важное заинтересовать малыша, сказать, что в итоге получится неизвестная картинка, которую потом можно будет раскрасить карандашами или фломастерами. Выполнение графических диктантов хорошо помогают родителям и педагогам планомерно подготовить ребенка к школе и предотвратить такие типичные трудности в обучении, как неразвитость орфографической зоркости, неусидчивость и рассеянность. Чем лучше ваш ребенок будет подготовлен к школе психологически, эмоционально и интеллектуально, тем увереннее он будет себя чувствовать и тем легче у него пройдет адаптационный период в начальной школе.

Советы по выполнению графического диктанта и правила рисования картинки по клеточкам

. Взрослые должны понимать, что это все же больше игра для ребенка, чем обучение. Во время такого занятия очень важен настрой ребенка и доброжелательное отношение взрослого. Для выполнения графического диктанта потребуется листок в клетку, простой мягкий карандаш, возможно еще ластик. Весь диктант заключается в рисовании коротеньких линий на обычном тетрадном листе в клеточку. Желательно, чтобы ребенок не отрывал руку от тетрадного листа в процессе выполнения задания. В приведенных ниже схемах используются следующие обозначения: количество отсчитываемых клеток обозначается цифрой, а направление обозначается стрелкой. Следуйте стрелочкам слева направо.

Как выполнять графический диктант

Для начала на тетрадном листе в клеточку нанесите метку, которая будет служить началом отчета для ребенка. Обратите внимание, что на каждой схеме рисунка всегда указывается, сколько клеток нужно отступить от края и верха, чтобы начать диктант. В указанном месте, нужно поставить жирную точку. Теперь, на листе у ребенка, с вашей помощью будет изображена, точка отсчета. Объясните малышу, что с этой точки нужно начинать рисовать линии (вправо, влево, вниз и вверх), в том направлении и с тем количеством клеток, которое вы назовете. Некоторые дошкольники хорошо воспринимают новую информацию, а другие постоянно путают понятия влево и вправо. Для того, чтобы облегчить задание и не запутать ребенка, вы можете нарисовать в уголках тетрадного листа стрелочки ← и→ чтобы он запомнил, с какой стороны, где и что находиться. Теперь приступайте к выполнению задания. Вы будете диктовать ребенку, а он будет четко выполнять ваши указания, при условии, что он умеет считать до десяти. Считайте вместе, если понадобиться необходимое количество клеток. Диктуйте четко, не торопясь, ведь ребенок должен воспринимать все на слух. Во время графического диктанта, убедитесь, что ребенок успевает. В конце работы посмотрите, насколько нарисованная фигура ребенком, совпадает с заданием. Если малыш ошибся, выясните вместе, где именно. Спокойно помогите, ластиком сотрите лишние в том месте, где произошла ошибка. Не ругайте ребенка, если у малыша сразу не получилось. Продолжительность занятия 15 – 20 (максимум 30) минут. А после выполнения диктанта обязательно похвалите своего малыша, спросите, понравилась ли ему такая игра? И будет ли он играть в нее с вами в следующий раз?

Успехов вам в выполнении интересных заданий по клеткам!

Графические диктанты

Диктант по клеточкам

Графические рисунки для детей

Игры по клеточкам

Рисунки по клеточкам для детей

Диктанты по клеточкам

Математический диктант по клеточкам

Моторика. Рисуем по клеточкам

Графические диктанты для детей

Диктант по клеткам

Легкие и красивые рисунки по клеточкам в тетради

Графический диктант

Графический диктант по клеточкам для дошкольников 6-7 лет

Графический диктант для детей

Графический диктант по клеточкам

Графический диктант для дошкольников

Графический диктант для детей

Добрый день, дорогие педагоги, сегодня я выгружаю большую коллекция шаблонов-картинок для графического диктанта по клеточкам. Мы сможем здесь найти графические задания для детей дошкольного возраста на внимательность и на закрепления умения ориентироваться «где лево, а где право» на листе бумаги, а также веселые упражнения-диктанты в рисовании по клеточкам для младших школьников. Все задания я специально разложила по уровню сложности, чтобы педагоги могли подобрать правильную последовательность формирования этого детского навыка. А еще у нас на сайте уже готова статья — альтернатива скучным буквенным прописям

Посмотрите КАК ЭТО КРАСИВО . Чувствуете внутри себя восхитительное жужжание? Это заработал моторчик творческого азарта. Сейчас вы начнете читать статью и станете специалистом, знающим методику и имеющим целый пакет шаблонов для графического диктанта по клеточкам.

Начнем с первого этапа обучения клеточной графике под диктовку — для детей дошкольников-начинашек… и дойдем до заданий для школьников скучающих на продленке.

Простые задания

по графическому диктанту

БЕЗ ДИАГОНАЛЕЙ.

Начинать обучать графическому диктанту надо с очень маленьких задания — короткие линии и небольшое количество поворотов.

Первые 4 раза сделайте графический диктант САМИ (дети будут лишь зрителями). Это можно обыграть как загадочное письмо с зашифрованным словом. И надо понять шифр… там нарисованы клеточки и стоят стрелки право, лево, вниз, вверх, наискосок. Давайте дети попробуем сделать как подсказывает шифр в письме и посмотрим что же это за слово.
Потом вызовите одного ребенка САМОГО СМЫШЛЕНОГО и дети будут ему подсказывать как рисовать…

Вот несколько вариантов для таких простых графических заданий для начинающих осваивать эту технику дошкольников.

Самые первые задания БЕЗ ДИАГОНАЛЕЙ — просто направо, налево, вверх, вниз. Как в случае с этой картинкой черепахой и с собакой ниже.

Усидчивые дети, которые обожают этот вид творчества пусть рисуют большие полотна лесенок туда-сюда-обратно.

Простые задания

на графические диктанты

С ДИАГОНАЛЬЮ.

Потом познакомьте детей с понятием ДИАГОНАЛЬ — когда линия пересекает клеточку наискосок от уголка к уголку. И оттренируйте этот навык сначала методом КОПИРОВАНИЯ (без диктовки) а просто задача «нарисуй по образцу» и в тетради ряд цыплят или рыбок (образец нарисован уже в тетрадке рукой педагога). Начните с цыплят и рыбок, сильнейшим детям можно дополнительно дать улитку.
На доске обратите внимание что у рыбок и цыплят есть места, где линия идет не по нарисованным клеточкам,а разрезает клетоку наискосок.

Вот еще один набор заданий. Только ГРУШУ НЕ ДАВАЙТЕ — рано. И голубую рыбу — тоже рано. Там идет скошенная линия — дети еще с ней не знакомы. Ее будем разбирать с детьми на следующем этапе обучения (читайте ниже).

Методом «СНЕЖИНКИ» познакомьте детей с понятичми косой линии: ВправоВниз, ВлевоВниз, ВправоВверх, ВлевоВверх. Метод снежинки означает что вы на клеточном поле выбираете точку в углу любой клетки и показываете, как ОТ ЭТОЙ ТОЧКИ уходят лучи снежинки НАИСКОСОК — два нижних: один лучик снежинки вниз вправо, другой вниз в лево и еще два луча верхних: один вверх вправо, и второй вверх влево.

Начанайте работать с диагональю НА ОДНУ КЛЕТКУ. Для этого подойдут вот эти тренажеры — белочка и ежик.

И вот как раз снежные предновогодние темы для графического диктанта — со снеговиком, пингвином, снежинками, рукавичками, санками. Здесь есть небольшие короткие диагонали на одну клетку (А вот задание «зонтик» пока не берите: он имеет линию, СКОШЕННУЮ сквозь две клетки, этому надо обучать отдельно).

Отличное пейзажное задание — дети ОБОЖАЮТ этот рыцарский замок, или принцессовый. В конце занятия я разрешаю дорисовать на этой картинке воинов на башнях (для мальчиков) или гуляющих в сени деревьев принцесс (для девочек).

А вот задание где диагональ рисуется уже СКВОЗЬ ДВЕ КЛЕТОЧКИ — крыша красного домика на рисунке ниже. Объясните детям что диагональ идет от уголка к уголку клеточки — и так сквозь два квадратика. Как в крыше этого домика.

А вот диагональная линия НА ДВЕ КЛЕТКИ идет в морде и шее собачки.

В этом графическом задании с «пятнистой собачкой возле миски» есть сложный элемент хвостика (его можно пропустить) и дети могут произвольно нарисовать хвостик и от руки пятна.

Или если вы верите в силы своих деток, покажите им хитрость в хвостике. Тогда начало графического диктанта с спинки (у основания хвоста) — далее идем в сторону морды и по контуру всей собаки… и объясните детям, что на жопке нужно остановится на середине клеточки, а потом пойти к уголку верхнего над ней квадратика (это будет кончик хвоста). И потом от кончика хвоста просто провести линию к спинке.

Можно взять телефон (он подходит идеально). Можно взять вот эту часовню (но тогда крышу домика переделать в диагональную (чтобы линия по уголкам клеточек шла).

А вот диагонально-линейные рисунки с большим количеством замкнутых контуров — хвост отдельно, плавник отдельно. Это уже сложные задачи, их можно дать более сильным детям, чтобы они не скучали и почувствовали азартный ВЫЗОВ своему мастерству.

Задания со СКОШЕННОЙ линией

в графическом диктанте.

Когда вы диктуете графический диктант — приучайте ребенка НЕ СРАЗУ ВЕСТИ ЛИНИЮ, а сначала в воздухе (летающим над бумагой карандашом) посчитать клетки (в заданном направлении) и по итогам подсчета поставить точку … и уже К ЭТОЙ ТОЧКЕ вести линию по бумаге.

Именно такой подход помогает научить ребенка СКОШЕННОЙ ЛИНИИ. В первом параграфе ребенок привык что диагональ режет квадрат РОВНО на две треугольной части. То есть диагональная линии идет от уголка к уголку- ее еще мы называем УГОЛКОВАЯ ЛИНИЯ (детям нравится).

А в скошенной линии — прямая идет от угла первого квадрата к углу второго квадрата НЕ ПО ЦЕНТРУ.

Вот в кораблике есть оба вида линий (уголковая и скошенная) — когда в лодочной састи линии идут ровно по диагонали клеточек. А в парусной части рисунка НИЖНЯЯ линия паруса она пересекает клеточки не по их уголкам .

Поэтому чтобы научиться рисовать скошенную линию диагонали, надо сначала найти КОНЕЦ этой будущей диагонали — то есть мы даем задание: отсчитайте вверх одну клетку, вправо две (поставьте там точку) и теперь к этой точке проведите прямую линию.

Начните с заданий, где всего два раза надо сделать такую линию. Вот как в этом самолете.

Вот несколько картинок для графического диктанта с такими скошенными (неуголковыми нецентральными) диагоналями.

Эти задания как раз небольшие — и не дадут ребенку устать и на протяжении всей работы он сможет сохранять внимательность и точность выполнения заданных диктантом шагов.

Чередуйте ЛЕГКИЕ задания с БОЛЕЕ СЛОЖНЫМИ диктантами на косую линию. Пусть дети практикуются, но со сменой режимов «старательного усердия» и «расслабленного удовольствия».

Варианты для девочек

Варианты для мальчиков.

Вот более длительные задания — тут в одном рисунке уже 2 контурных элемента — панцирь и тело черепахи. Зато мало скошенных линий. Графическая черепашка имеет только 2 скошенные линии — по бокам шеи.

Продвинутые дети могут взять на дополнительном занятии вот такой диктант -пингвина — тут две скошенные линии внизу белого брюшка. Остальные линии чистые диагонали от уголка до уголка клеточек.

Варианты с ДЛИННОЙ скошенной линией

Графический диктант Радужный Ксилофон — 11 клеток вправо и 3 клетки вверх — ставим точку и соединяем наш хвост с этой новой точкой.

Тут без линейки НЕЛЬЗЯ — посчитали по вертикали, по горизонтали, точку поставили… и прикладываем линейку. От руки ровно не проведешь в детском саду.

Графические диктанты

С ЗАКРУГЛЕННЫМИ элементами.

А вот еще следующий самый крутой этап (по сути это уже переход к «РУКЕ ХУДОЖНИКА», как я это называю).

Здесь некоторые косые или диагональные линии НЕ ПРЯМЫЕ, а имеющие закругление. Морда и лапки собачки — на картинке ниже как раз закругленные.

Начните с небольших диктантов, где закругление встречается два раза.

Объясните детям как делать закругление с ВЫПУКЛОСТЬЮ ВВЕРХ (как горка, как шляпка гриба), или с ВОГНУТОСТЬ ВНИЗ (как лодочка, как улыбка)

Потом перейдите к более сложной графике, тоже с округлыми элементами. Если закругление нужно сделать на ДЛИННОЙ линии, то научите детей находить ВЕРШИНУ ДУГИ — то есть ставить точку-границу будущей дуги. Вот на картинке ниже мы видим, что высота дуги паруса — всего одна клетка. Так и скажите детям, давайте поставим по центру точку, на высоту одной клетки — чтобы наша дуга НЕ ВЫХОДИЛА ЗА ЭТУ ТОЧКУ, а прогнулась в этой ограниченной территории.

Вот несколько графических рисунка для диктантов с плавными линиями. Это уже задания для младших школьников. Хорошая тренировка ума, смекалки, наблюдательности, умения анализировать и подмечать мелочи.

ИНТЕРЕСНЫЕ ЗАДАНИЯ

для графических диктантов.

А теперь, давайте поглядим, какое разнообразие графических заданий вы можете взять для своих диктантов (учитывая уровень подготовки и натренированности детей). Предложенную графику вы можете адаптировать изменять некоторые линии, придумывать свои дополнения, фоновые или сюжетные.

Вот коллекция зайчиков и кроликов для графического диктанта. Начните с центрального розового зайца — он СИММЕТРИЧЕН. У серого зайца (маленького в углу) заострите мордочку, если ваши дети еще не обучены навыкам закруглять некоторые линии.

Задания НА МЕЛКОЙ КЛЕТОЧКЕ

по графическим диктантам.

Есть картинки, которые не помещаются на лист тетради в крупную клетку. Поэтому такие задания в детском саду не выполняются. Они даются детям в школе — в основном на продленке. Хороший педагого продленки всегда найдет интересное занятие своим подопечным.

Это могут быть графический задания (диктанты или срисовки по клеточкам) С ЖИВОТНЫАМИ (крокодил, акула, краб, рыба, слон, утка, кузнечик).

Интересные варианты диктантов с птичками.

Вот такие красивые картинки и методика обучения детей графическому диктанту. Теперь вы вооружены и графикой и пониманием правильных шагов преподавания. Осталось начать реализовывать это в практической жизни вашей дошкольной группе. Ваши дети 5-6 лет уже готовы к этому. Пора начитать влюблять детей в волшебные клеточки.

Удачи вам и новых клеточных идей для диктантов.

Ольга Клишевская, специально для сайта

Многие из современных методик, используемых в начальной школе, совмещают несколько функций: игровую, образовательную, развивающую. Важно использовать такие обучающие способы, которые будут формировать и закреплять у первоклассника интерес к учебе.

К таким относят графический диктант по клеточкам для 1-го класса, который охотно используется педагогами и родителями и в качестве диагностического инструмента, и как интересная развивающая игра.

Из этой статьи вы узнаете

В чем польза

Готовить ребенка к школьным нагрузкам нужно заранее, как минимум за год до начала обучения. Этот процесс заключается в формировании таких качеств, как усидчивость, самоконтроль, внимательность и активность. Большое значение имеет и правильная постановка руки для письма. Все эти навыки закрепляет выполнение графических диктантов.

Этот метод был разработан психологом и педагогом Д.Б. Элькониным для определения степени развития различных навыков у ребенка. Заключается он в упражнении, проводимом под диктовку специалиста и составлении протокола психологической диагностики детей. Спустя десятилетия метод стали применять и как обучающее занятие.

Жираф

Елочка

Кошка

Петух

Робот

Бабочка

Гусь

Олень

Парусник

Волк

Чайник

Кошечка

Собачка

Верблюд

Змея

Коляска

Лось

Паровоз

Пингвин

Вертолет

.

Можно выбрать бесплатный способ и разработать задания по индивидуальному проекту. Для этого нужно найти рисунок в интернете, скачать, напечатать понравившийся файл в Word или в графическом редакторе и приступить к заданию.

В Сети есть и примеры текста диктанта. Можно сделать распечатки с разным уровнем сложности и использовать по мере развития навыков ребенка. Ниже мы предлагаем вам скачать и распечатать незаполненные варианты, где ребенку необходимо самостоятельно сделать работу.

Дом

Олень

Машина

Танк

Кораблик

Дерево

Рыба

Слон

Елка

Ботинок

Рисунки, инструкции и пособия для занятий также можно приобрести в книжных магазинах, киосках периодической печати и точках для продажи канцелярских товаров.

Дошкольникам подойдет издание в виде рабочей тетради К.В. Шевелева «Занимательная математика».

Для детей 7–8 лет интересны будут развивающие пособия по арифметике, разработанные О.И. Мельниковым.

Педагог О.А. Холодова – автор изданий, предназначенных для развития познавательных навыков у детей дошкольного возраста и младших школьников. Ее издания для 1-го класса рассчитаны на первое и второе полугодие и соответствуют материалу, изучаемому в каждой четверти.

• Негативные эмоции со стороны взрослого исключены. Нужно создать доброжелательную атмосферу, хвалить за успехи.
• Во время диктовки нельзя спешить, выполняйте устный диктант в соответствии с развитием малыша.
• Проводите занятия в течение времени, установленного ФГОС: дошкольникам – 15–25 минут, младшим школьникам – 30–40 минут. Устраивайте перерывы каждые 5–10 минут занятий.
• Почаще устраивайте гимнастику для глаз и пальцев.
• Если ученик переспрашивает, дайте ответ незамедлительно.
• Место, где занимается первоклашка, должно быть хорошо освещено.
• Наблюдайте за правильной осанкой и захватом карандаша пальцами у ребенка.
• После работы проведите итоговый анализ вместе с малышом, при необходимости исправьте недочеты, стерев ластиком неправильный ход.
• Распечатывать карточки и бланки можно вместе с ребенком, с учетом его пожеланий.

Признак хорошо проведенного графического диктанта – не только картинка, полностью соответствующая оригиналу, но и отличное настроение у педагога и детей.

ВАЖНО ! *при копировании материалов статьи обязательно указывайте активную ссылку на перво

Каждый диктант открывается в новом окне. Чтобы его распечатать, нажмите на рисунок правой кнопкой мыши и выберете строчку «Печать».

Введение

Поступление в школу — важный момент в жизни ребенка и его родителей. Чем лучше ребенок будет подготовлен к школе психологически, эмоционально и интеллектуально, тем увереннее он будет себя чувствовать, тем легче у него пройдет адаптационный период в начальной школе.

Графические диктанты для дошкольников хорошо помагают родителям и педагогам планомерно подготовить ребенка к школе и предотвратить такие типичные трудности в обучении, как неразвитость орфографической зоркости, неусидчивость и рассеянность. Регулярные занятия с данными графическими диктантами развивают у ребенка произвольное внимание, пространственное воображение, мелкую моторику пальцев рук, координацию движений, усидчивость.

Рисование по клеточкам — очень увлекательное и полезное занятие для детей. Это игровой способ развития у малыша пространственного воображения, мелкой моторики пальцев рук, координации движений, усидчивости. Графические диктанты могут с успехом применяться для детей от 5 до 10 лет.

Выполняя предложенные в выложенных ниже заданиях — графических диктантах, ребенок расширит кругозор, увеличит словарный запас, научится ориентироваться в тетради, познакомится с разными способами изображения предметов.

Графический диктант 1. Рисуем по клеточкам узор
Графический диктант 2. Рисуем по клеточкам узор
Графический диктант 3. Рисуем по клеточкам узор
Графический диктант 4. Рисование по клеточкам ракеты
Графический диктант 5. Рисование по клеточкам ключика
Графический диктант 6. Рисование по клеточкам слона
Графический диктант 7. Рисунок дома по клеточкам
Графический диктант 8. Рисунок машины по клеткам
Графический диктант 9. Рисование по клеточкам ключа
Графический диктант 10. Рисование по клеткам зайца
Графический диктант 11. Рисование по клеточкам жирафа
Графический диктант 12. Рисование по клеточкам летящей птицы
Графический диктант 13. Рисование по клеточкам змеи
Графический диктант 14. Рисование по клеточкам осинового листочка
Графический диктант 15. Рисование по клеточкам уточки
Графический диктант 16. Рисование по клеточкам бабочки
Графический диктант 17. Рисование по клеточкам гуся
Графический диктант 18. Рисование по клеточкам дома
Графический диктант 19. Рисование по клеточкам собачки
Графический диктант 20. Рисование по клеточкам цветка
Графический диктант 21. Рисование по клеточкам волка
Графический диктант 22. Рисование по клеточкам рыбки
Графический диктант 23. Рисование по клеточкам медведя
Графический диктант 24. Рисование по клеточкам кораблика
Графический диктант 25. Рисование по клеточкам сторожевого пса
Графический диктант 26. Рисование по клеточкам журавля
Графический диктант 27. Рисование по клеточкам елки
Графический диктант 28. Рисование по клеточкам робота
Графический диктант 29. Рисование по клеточкам груши
Графический диктант 30. Рисование по клеточкам утки
Графический диктант 31. Рисование по клеточкам коня
Графический диктант 32. Рисование по клеточкам курицы
Графический диктант 33. Рисование по клеточкам оленя
Графический диктант 34. Рисование по клеточкам зонта
Графический диктант 35. Рисование по клеточкам белочки
Графический диктант 36. Рисование по клеточкам кота
Графический диктант 37. Рисунок цапли по клеткам
Графический диктант 38. Рисунок кенгуру по клеткам
Графический диктант 39. Рисунок страуса по клеткам
Графический диктант 40. Рисунок слона по клеткам
Графический диктант 41. Рисунок гиппопотама по клеткам
Графический диктант 42. Рисунок крокодила по клеткам
Графический диктант 43. Рисунок самовара по клеткам
Графический диктант 44. Рисунок верблюда по клеткам
Графический диктант 45. Рисунок рыбы по клеткам
Графический диктант 46. Рисунок попугая по клеткам
Графический диктант 47. Рисунок лебедя по клеткам
Графический диктант 48. Рисунок бабочки по клеткам
Графический диктант 49. Рисунок верблюда по клеткам
Графический диктант 50. Рисунок коня по клеткам
Графический диктант 51. Рисунок летящей утки по клеткам
Графический диктант 52. Рисунок белки по клеткам

Как работать с данными графическими диктантами:

В каждом диктанте даны задания для детей 5-ти — 7-ми лет.

Графический диктант можно выполнять в двух вариантах:
1. Ребенку предлагают образец геометрического рисунка и просят его повторить точно такой же рисунок в тетради в клетку.
2. Взрослый диктует последовательность действий с указанием числа клеточек и их направлений (влево, вправо, вверх, вниз), ребенок выполняет работу на слух, а затем сравнивает методом наложения свое изображение орнамента или фигуры с образцом в пособии.

Графические диктанты дополнены загадками, скороговорками, чистоговорками и пальчиковой гимнастикой. В процессе занятия ребенок отрабатывает правильную, чёткую и грамотную речь, развивает мелкую моторику рук, учится выделять отличительные особенности предметов, пополняет свой словарный запас.

Задания подобраны по принципу «от простого к сложному». Если вы начинаете заниматься с ребенком по этим графическим диктантам, выполняйте с ним задания по порядку: начинайте с самых первых простых диктантов и постепенно переходите к более сложным.

Для занятий необходима тетрадь в клетку, простой карандаш и ластик, чтобы ребенок мог всегда исправить неправильную линию. Для детей 5 — 6-ти лет лучше использовать тетрадь в крупную клетку (0,8 мм), чтобы не перенапрягать зрение. Начиная с графического диктанта №40 все рисунки расчитаны на обычную школьную тетрадь (в тетради в крупную клетку они не поместятся).

В заданиях используются следующие обозначения: количество отсчитываемых клеток обозначается цифрой, а направление обозначается стрелкой. Например, запись:

следует читать: 1 клетка вправо, 3 клетки вверх, 2 клетки влево, 4 клетки вниз, 1 клетка вправо.

Во время занятий очень важен настрой ребенка и доброжелательное отношение взрослого. Помните, что занятия для ребенка — не экзамен, а игра. Помогайте малышу, следите за тем, чтобы он не ошибался. Результат работы всегда должен удовлетворять ребенка, чтобы ему вновь и вновь хотелось рисовать по клеткам.

Ваша задача — помочь ребенку в игровой форме овладеть необходимыми для хорошей учебы навыками. Поэтому никогда не ругайте его. Если у него что-то не получается, просто объясните, как надо делать правильно. Чаще хвалите малыша, и никогда ни с кем не сравнивайте.

Продолжительность одного занятия с графическими диктантами не должна превышать 10 — 15 минут для детей 5-ти лет, 15 — 20 минут для детей 5 — 6-ти лет и 20 — 25-ти минут для детей 6 — 7-ми лет. Но если ребенок увлекся, не стоит останавливать его и прерывать занятие.

Обратите внимание на посадку ребенка во время выполнения диктанта, на то, как он держит карандаш. Покажите малышу, как надо удерживать карандаш между фалангами указательного, большого и среднего пальцев. Если ребенок плохо считает, помогайте ему отсчитывать клетки в тетради.

Перед каждым занятием обязательно поговорите с ребенком о том, что есть разные направления и стороны. Покажите ему, где право, где лево, где верх, где низ. Обратите внимания малыша, что у каждого человека есть правая и левая сторона. Объясните, что та рука, которой он ест, рисует и пишет — это правая рука, а другая рука — левая. Для левшей наоборот, левшам надо обязательно объяснять, что есть люди, для которых рабочая рука — правая, а есть люди, для которых рабочая рука — левая.

После этого можно открывать тетрадь и учить ребенка ориентироваться на листе бумаги. Покажите ребенку, где у тетради левый край, где правый, где верх, где низ. Можно объяснить, что раньше в школе были наклонные парты, поэтому верхний край тетради и назвали верхним, а нижний нижним. Объясните малышу, что если вы говорите «вправо», то надо вести карандашом «туда» (вправо). А если говорите «влево», то надо вести карандашом «туда» (влево) и так далее. Покажите малышу, как надо считать клеточки.

Вам самим тоже понадобится карандаш и ластик для того, чтобы отмечать прочитанные строчки. Диктанты бывают довольно объемные, и чтобы вам не запутаться, ставьте точки карандашом напротив строчек, которые читаете. Это вам поможет не сбиться. После диктанта все точки вы сможете стереть.

Каждое занятие включает в себя графический диктант, обсуждение изображений, скороговорки, чистоговорки, загадки и пальчиковую гимнастику. Каждый этап занятия несет смысловую нагрузку. Занятия с ребенком можно выстраивать в разной последовательности. Можно вначале сделать пальчиковую гимнастику, прочитать скороговорки и чистоговорки, а затем сделать графический диктант. Можно наоборот, сначала сделать графический диктант, о потом скороговорки и пальчиковая гимнастика. Загадки лучше загадывать в конце занятия.
Когда ребенок нарисует рисунок, поговорите о том, что есть предметы и есть их изображения. Изображения бывают разные: фотографии, рисунки, схематичное изображение. Графический диктант — это схематичное изображение предмета.

Поговорите о том, что каждое животное имеет свои отличительные особенности. Схематичное изображение показывает отличительные особенности, по которым мы можем узнать животное или предмет. Спросите у ребенка, какие отличительные особенности у животного, которое он нарисовал. Например, у зайца — длинные уши и маленький хвостик, у слона — длинный хобот, у страуса длинная шея, маленькая голова и длинные ноги, и так далее.

Поработайте со скороговорками и чистоговорками разными способами:
1. Пусть ребенок возьмет в руки мяч и, ритмично подбрасывая и ловя его руками, проговорит скороговорку или чистоговорку. Подбрасывать и ловить мяч можно на каждое слово или на слог.
2. Пусть ребенок проговорит скороговорку (чистоговорку), перебрасывая мячик из одной руки в другую.
3. Проговорить скороговорку можно, прохлопывая ритм ладошками.
4. Предложите проговорить скороговорку 3 раза подряд и не сбиться.
Пальчиковую гимнастику делайте вместе, чтобы ребёнок видел и повторял движения за вами.
А теперь, когда вы познакомились с основными правилами проведения графического диктанта, можно приступать к занятиям.

Многие задания, такие как графические диктанты для детей 6-7 лет и дошкольников, развивают пространственное мышление и восприятие окружающего мира, усидчивость и внимательность, а самое главное помогают подготовить дошколят к письму и азам математики.

Графический диктант по клеточкам – это очень интересные задания, которые ребенок должен выполнить на бумаге в клеточку под диктовку. Сама методика графический диктант основана на воспитании внимания и мелкой моторики малыша. Это очень полезно развивать до того, как малыш пойдет в школу, но не страшно если ребенок уже пошел в первый или 2 класс, эти задания будут не лишним дополнением в образовании.

• Чтобы выполнить упражнение графический диктант вам нужно приготовить образцы заданий, а ребенку лист бумаги, средство для письма (карандаш, ручка, фломастер) маленькую линейку и ластик. Карандашом пользоваться проще самым маленьким ученикам, четвертый-пятый год жизни уже подходит для подобного вида упражнений.
• Также для дошколят можно сделать специальные листы бумаги, на которых будут большие клеточки (не стандартные по пол сантиметра, а к примеру – по 1 см) их можно расчертить заранее или распечатать. Но вот выполнять графический диктант 1 класс детишки должны на тетрадках в стандартную клетку.

У вас на листе будет изображен рисунок, это могут быть разные животные, узор или транспорт. Цель упражнения для детей повторить продиктованные вами действия, в конце которых должен получиться узор один в один с образцом.

Правила рисования по клеточкам

Задания выполняются по определенным правилам, это не математический урок, но он все же учит детей азам счета и понятиям направления в пространстве. В самом начале, вы ставите точку на бумаге на углу клеточки (это будет точка отсчета), она должна быть в таком месте, чтобы ребенок, повторяя узор смог его уместить на листке. Также эту точку ваше чадо может поставить самостоятельно, вам же следует сказать сколько он должен отступить от верха и бока листа.

Далее в вашем листе будут нарисованы стрелочки, обозначающие стороны направления пространства и цифры – указывающие сколько клеток нужно прочертить чтобы получить нужный узор. Пример: стрелочки по горизонтали «5←» – пять клеток влево, «1→» – одна клеточка вправо.

Стрелочки по вертикали «3» – три клеточки вверх, «6↓» – шесть клеточек вниз. Стрелочки по диагонали: «2↖» – две клеточки по диагонали вверх влево, «4↗» – четыре по диагонали вверх вправо, «↘» – вниз вправо «↙» – вниз влево.

Варианты графических диктантов по клеточкам

• Диктанты могут быть простые или сложные, все зависит от уровня развития вашего чада. Так, например, диктант для дошколят должен быть совсем легкий, поскольку малыши еще только учатся держать в руках карандаши и только начинают ориентироваться в пространстве. А вот диктанты по клеточкам для детей 1 – 2 класса могут быть по сложнее и узор может быть выполнен разными цветами.
• Упражнения могут быть написаны текстом (небольшой рассказ) или просто иметь обозначения направлений и цифры. Еще варианты диктантов могут предназначаться разным полам. Так графический диктант для мальчиков может состоять из рисунков, нравившихся мальчикам, это могут быть: робот, самолет, животные (пеликан, носорог, собака и т.д.). Тогда как для девочек картинкой может быть: цветок, кукла, кошка и т.п.

Простые задания

Простыми считаются упражнения легкие в повторении и по форме. Так к примеру, научить азам геометрии можно при помощи картинок с квадратами, треугольниками, трапециями, ромбами и т.д. Еще чтобы карапузу было проще выполнить урок, помогайте и направляйте его сидя рядом.

Если малыш путается, то подсказывайте ему, что он прочертил не туда и обязательно хвалите при правильном действии. В простых уроках линии должны быть направлены строго горизонтально или вертикально. Можете в углу листочка нарисовать подсказку, в виде стрелочек и рядом названий направлений.

Собака

Чтобы нарисовать диктант «Собака» – отступаем шесть клеточек слева от листа и шесть сверху, ставим точку, от нее начинаем рисовать :

2→, 1, 2→, 1, 1→, 5↓, 7→, 2, 1→, 3↓, 1←, 7↓, 2←, 1, 1→, 3, 6←, 4↓, 2←, 1, 1→, 3, 1←5, 3, ←2.

Разукрасьте собачку в желтый цвет, дорисуйте ей глаз, можно дорисовать пятнышки другим цветом, например, коричневым.

Робот

Отступаем сверху 6 клеток и слева – 7, от точки чертим :

1→, 1, 3→, 1↓, 1→, 1↓, 1←, 1↓, 1←, 1↓, 3→, 1↓, 2←, 2↓, 1→, 2↓, 1→, 1↓, 3←, 2, 1←, 2↓, 3←, 1, 1→, 2, 1→, 2, 2←, 1, 3→, 1, 1←, 1, 1←, 1.

Раскрасить любым цветом.

Робот (графический диктант по клеточкам), рисуем по клеточкам робота

Машина

Чтобы нарисовать машину – отступаем две клеточки слева от листа и 9 сверху, ставим точку, от нее начинаем :

4→, 2, 8→, 2↓, 3→, 3↓, 2←, 1, 2←, 1↓, 6←, 1, 2←, 1↓, 3←, 3.

Предложите дорисовать колеса и окна с дверьми у машинки, разукрасить в любой цвет.

Сложные задания

Сложный урок заключается в том, что рисунок по форме не простой, это уже не просто квадратики и треугольники, а полноценные графические рисунки со множеством изгибов. Еще помимо горизонтальных и вертикальных линий можете добавить диагонали.

Это достаточно усложняет процесс, и его нужно делать в случае если ребенок теряет интерес и очень быстро все выполняет. Так же можете добавлять разные цвета, т.е. одна часть рисунка чертиться одним цветом (красным), а для второй половины цвет меняется (синий или зеленый).

Ослик

Для того чтобы получился ослик нужно отступить 32 клетки слева и 2 сверху, поставить точку и начать :

1→, 2↓, 1→, 1, 1→, 1, 1→, 2↓, 1←, 2↓, 1→, 5↓, 1→, 3↓, 1←, 1↓, 2←, 1, 1←, 1, 1←, 1, 1←, 4↓, 1←, 2↓, 1←, 2↓, 1←, 2↓, 1←, 2↓, 1←, 6↓, 1←, 7, 1←, 3, 1←, 1, 1←, 1↓, 1←, 1↓, 6←, 1, 1←, 1, 2←, 1↓, 1←, 2↓, 1←, 1↓, 1←, 1↓, 1←, 6↓, 1←, 8, 1→, 5, 1←, 1, 1←, 4↓, 1←6, 1→, 1, 1→, 1, 1→, 1, 2→, 1, 14→, 1, 2→, 1, 2→, 1, 2→, 1, 1→, 1, 1→, 3.

Раскрасить ослика в серый и дорисовать глаз.

Самолет

Попробуйте нарисовать самолетик со своим малышом, для этого пользуйтесь специальной «формулой» :

2→, 1↘, 5→, 3↖, 2→, 3↘, 4→, 1↘, 2←, 1, 1→, 2↘, 5←, 3↙, 2←, 3↗, 5←, 3↖, соединить в начальной точке. Раскрасить самолетик серым, голубым или зеленым цветом, кабину пилота не закрашивать.

Кенгуру

Итак, графический диктант кенгуру нужно начать с постановки точки отступив 2 слева и 5 сверху :

1, 2→, 1, 1→, 1, 1→, 1, 1→, 1, 1→, 1, 2→, 1, 1→, 4, 1→, 1↓, 1→, 1↓, 1→, 1↓, 1←, 2↓, 2→, 2↓, 1←, 1, 1←, 1↓, 1←, 2↓, 2←, 1↓, 2→, 1↓, 4←, 1, 1←, 1, 1←, 1↓, 1←, 1↓, 3←, соединили с началом.

Разукрасить кенгуру в оранжевый цвет, дорисовать глаз.

Кенгуру (графический диктант по клеточкам), рисуем по клеточкам кенгуру

Жираф

Чтобы нарисовать жирафа нужно от начальной точки :

1↗, 2→, 1, 1→, 10↓, 4→, поставили точку, от нее 2↘, 1→, 1↓, 1←, 1, вернулись на поставленную точку, от нее 8↓, 1 влево, 5, обратно 5↓, 1←, 5, 3←, 5↓, 1←, 4, 1↙, 2↓, 1←, 2, 2↗, 1↖, 1, 1↗, 7, 1←, 1↖ и соединяем с начальной точкой.

У жирафа можно нарисовать пятнышки, и дорисовать глаз.

Рыбка

Чтобы нарисовать графический диктант рыбка – отступаем шесть клеточек слева от листа и семь сверху, ставим точку, от нее начинаем рисовать :

1→, 1, 3→, 1, 2→, 1↓, 2→, 1↓, 1→, 1, 1→, 1, 1→, 1, 1→, 1, 2→, 3↓, 1←, 1↓, 1←, 2↓, 1→, 1↓, 1→, 3↓, 2←, 1, 1←, 1, 1←, 1, 1←, 1, 1←, 1↓, 2←, 1↓, 2←, 1, 3←, 1, 1←, 2.

Разукрасьте у рыбки плавники синим цветом, дорисуйте глазик, а саму рыбку раскрасьте в зеленый или фиолетовый цвет.

Рыбка (графический диктант по клеточкам), рисуем по клеточкам рыбу

Как нарисовать оленя карандашом — легкие поэтапные инструкции для детей и начинающих

Большинство начинающих художников любит изображать различных животных. Для первоначального обучения детей особенно полезно создавать изображения различных зверей. Это не так сложно, как рисовать людей, но и не так просто как рисовать неодушевленные предметы.

Попробуем научиться рисовать такое грациозное и красивое животное, как олень. Его красота и изящество достойны изображения в живописи. Рисуя данное животное, вы можете получить необходимые навыки, чтобы изображать более сложные сюжеты.

Способы рисования оленя

1. Рисование с помощью геометрических фигур.
2. Рисование по клеткам.
3. Рисование плавными вспомогательными линиями.

Инструменты для рисования

1. Бумага для эскизов, блокнот, тетрадка в клетку или альбом с плотными листами.
2. Карандаши простые твёрдый и мягкий (H и B). Если вы хотите получить более яркую картинку, то можно взять краски по желанию (акварель, гуашь), цветные карандаши или мелки.
3. Ластик для стирания ненужных элементов.

Рассмотрим несколько вариантов, как нарисовать оленя карандашом поэтапно для начинающих творцов в сфере рисунка и живописи.

Наиболее простые приёмы рисования

Рисование с помощью геометрических фигур

Скорее всего, это будет самый простой способ для обучающихся людей без навыка.

1. Для начала нужно нарисовать два овала разного размера. Первый будет головой оленя, а второй его туловищем. Второй овал должен обязательно быть больше первого в пять раз.
2. Следующим шагом будет изображение четырёх линий, которые будут обозначать ноги, внизу которых прорисовываются копыта в форме маленьких треугольников.
3. Затем надо изобразить длинный вытянутый нос, уши, один рог и небольшой контур второго рога сзади. Далее скрепить туловище и голову двумя плавными линиями – будущая шея.
4. Следующий этап – придание формы туловищу, сделать немного изогнутую форму. Очертания ног обводим двумя линиями. Сзади рисуем небольшой хвостик.
5. Далее можно нарисовать тени, например, рога и ноги, располагающиеся с другой стороны от зрителя сделать немного потемнее.

Рисуем оленя по клеточкам

Ещё один вариант как нарисовать оленя карандашом поэтапно для детей – это рисунок по клеткам с помощью обычной тетради.

1. Для начала требуется взять тетрадный листочек в клетку.
2. Начинать рисунок лучше с центра листа.
3. Желательно взять фото, либо рисунок, на который можно опираться при рисовании.
4. Теперь надо прорисовать неровную линию – это будет передняя часть головы оленя. Снизу её нужно будет закруглить, чтобы получилась челюсть.
5. Внизу первой линии проводится тонкая черта в обратную сторону, чтобы появился подбородок и нижняя челюсть.
6. Вверху головы нужно изобразить вытянутый овальный глаз.
7. Ещё выше рисуется ухо с заострённым краем.
8. Сверху головы прорисовываются рога, ориентируясь на рисунок оленя, либо на его фотографию.
9. От линии уха рисуется изогнутая линия – будущая спина оленя, она изображается до задних ног.
10. Далее рисовать живот снизу выпуклой дугой.
11. Теперь рисуются передние и задние ноги, ориентируясь на образец.
12. Сзади необходимо нарисовать небольшой хвост, по желанию добавить разнообразие в рисунок цветными мелками или карандашами и добавить тени.

Есть ещё один несложный метод, как нарисовать оленя поэтапно карандашом легко и красиво.

Рисование с помощью плавных линий

1. Полезно взять для основы рисунок или фото оленя и ориентироваться на него.
2. Вначале изображается опорный схематический рисунок. Начинается рисунок с головы, затем рисуется трапецию. Трапеция потом станет туловищем оленя.
3. Далее надо более подробно прорисовать контуры животного. Нарисовать голову, уши, провести плавными линиями шею и ноги животного.
4. Потом надо обвести контур спины, нарисовать выпуклый живот и дочертить задние ноги.
5. Далее нужно стереть ластиком лишние контуры, выделить мордочку оленя, нос и прорисовать миндалевидные глаза.
6. Потом прорисовываются рога, как изображено на образце. Можно выделить более тёмным цветом тени и добавить объём рисунку.

Мастер классы по изображению животных карандашом

Для многих начинающих творческую деятельность людей, особенно для маленьких детей и школьников будет интересно и полезно поучаствовать в мастер классе «Как нарисовать оленя поэтапно карандашом».

В таких мероприятиях ведущий или преподаватель подробно показывает и рассказывает каждый шаг, а участники повторяют все действия. Это даёт определённую творческую мотивацию и помогает быстро запомнить используемые материалы и порядок действий.

Информацию о проведении мастер классов можно узнать на тематических сайтах, в социальных сетях, в студиях по живописи, в школах, на детских праздниках, либо на рекламных баннерах.

Полезные рекомендации для художников

1. Кроме обычного графитного карандаша нужно использовать и цветные. Рисунок получится более живым.
2. Для удобства обучения маленьких детей рисованию можно пользоваться трафаретом с силуэтом оленя. Его нужно обвести.
3. Так же для большей реалистичности изображения можно нарисовать сзади красивый фон или пейзаж.
4. Можно сочетать несколько материалов, например акварельные краски и гелиевую ручку для декоративного оформления рисунка. Всё зависит от вашей фантазии.
5. Тем художникам, кто уже освоил основные навыки, можно взяться за более сложную технику рисования, более детальную прорисовку фона и мелких элементов рисунка, детально изобразить тени и блики, дорисовать шерсть.

В этой статье предложено несколько разных способов рисования оленя поэтапно. Это одно из красивых и благородных животных. Изображения оленей часто применяются на новогодних открытках либо постерах. Рисуя данное животное, вы можете развить фантазию, моторику рук, применить различные техники для декора изображения.

Например, раскрасить его цветными красками, либо украсить блестками, вылепить детали пластилином вместе с детьми, если хотите сделать красивую поделку, либо необычный подарок.

Картинки оленя для срисовки карандашом 

Блокнот A6 Поле оленей

. . . . . . . . . . . . . . .
Время отправки
. . . . . . . . . . . . . . .

Я стараюсь отправлять заказы в течение 3 рабочих дней, если не указано иное. Сюда не входят выходные и праздничные дни в Великобритании/Шотландии.

Время закрытия заказов — полночь по Гринвичу.

В сезон высокой загрузки время обработки может немного увеличиваться, поэтому проверьте перед заказом, если вам требуется быстрое выполнение заказа.

. . . . . .. . . . . . . . .
Время доставки
. . . . . . . . . . . . . . .

Расчетное время доставки указано ниже. Обратите внимание, что это время является приблизительным и не гарантируется. Свяжитесь со мной, чтобы перейти на экспресс-доставку, если вам нужна гарантия вашего заказа к определенной дате. — 11 рабочих дней (Стандартная авиапочта)

Азия ▶ 7–11 рабочих дней (Стандартная авиапочта)

Любые пошлины и налоги, возникающие при отправке заказов за пределы Великобритании, оплачиваются клиентом.

Экспресс-доставка доступна в США через FedEx (доставка в течение 1-3 дней, исключая время обработки). Цены начинаются от 26 фунтов стерлингов. Если вы заинтересованы, пожалуйста, запросите цитату.

. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
Последние рекомендуемые рождественские даты публикации 2022
. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

Пожалуйста, размещайте рождественские заказы до следующих дат:

24 ноября ▶ Карибский бассейн
29 ноября ▶ Австралия, Греция, Италия, Новая Зеландия, Португалия
1 декабря ▶ Африка, Центральная и Южная Америка, Азия, Дальний и Ближний Восток
3 декабря ▶ Кипр, Мальта, Швеция
6 декабря ▶ Канада, Восточная Европа, Финляндия, Турция, США
9 декабря ▶ Австрия, Бельгия, Дания, Франция, Германия, Исландия, Ирландия, Люксембург, Нидерланды, Норвегия, Словакия, Испания, Швейцария
15 декабря ▶ Великобритания

Программное обеспечение для эффективного расчета спин-меченых данных ЭПР и ЯМР из конформационных ансамблей

Abstract

Из-за своей пластичности внутренне неупорядоченные и многодоменные белки требуют описания, основанного на нескольких конформациях, что требует методов и инструментов анализа, которые способны работать с конформационными ансамблями, а не с одной структурой белка.Здесь мы представляем DEER-PREdict, программу для прогнозирования распределений расстояний двойного электрон-электронного резонанса, а также скорости усиления парамагнитной релаксации на основе ансамблей белковых конформаций. DEER-PREdict использует общепризнанный подход к библиотеке ротамеров для описания парамагнитных зондов, которые ковалентно связаны с белком. DEER-PREdict был разработан для эффективной работы с большими конформационными ансамблями, такими как созданные с помощью молекулярно-динамического моделирования, для облегчения проверки или уточнение молекулярных моделей, а также интерпретация экспериментальных данных.Производительность и точность программного обеспечения продемонстрированы на экспериментально охарактеризованных белковых системах: протеаза ВИЧ-1, лизоцим Т4 и ацил-КоА-связывающий белок. DEER-PREdict имеет открытый исходный код (GPLv3) и доступен на github.com/KULL-Centre/DEERpredict, а также в виде пакета Python PyPI pypi.org/project/DEERPREdict.

Резюме автора

Точное описание структуры белка имеет решающее значение для полного понимания его биологической функции. Большая часть эукариотических белков по своей природе неупорядочена или состоит из множества складчатых доменов, соединенных неупорядоченными областями.Структура этих белков очень гибкая и может быть описана только большим набором конформаций. Характеристика этих ансамблей может быть достигнута путем интеграции in silico молекулярного моделирования и моделирования с экспериментами. Здесь мы представляем DEER-PREdict, программу с открытым исходным кодом для удобного и эффективного расчета наблюдаемых двух биофизических методов, а именно двойного электрон-электронного резонанса (DEER) и усиления парамагнитной релаксации (PRE) ядерного магнитного резонанса.Оба метода предоставляют информацию о расстоянии для высокодинамичных систем и включают мечение белков в одном или нескольких местах с помощью гибких молекул-зондов. Пакет DEER-PREdict сочетает в себе ранее разработанные и проверенные методы размещения нескольких конформаций молекулы нитроксида в участках белка с быстрым расчетом наблюдаемых DEER и PRE по большим ансамблям белковых структур. На примерах мы иллюстрируем использование DEER-PREdict в качестве инструмента для интерпретации экспериментальных результатов, проверки молекулярных моделей гибких белков, а также для планирования экспериментов.

Образец цитирования: Tesei G, Martins JM, Kunze MBA, Wang Y, Crehuet R, Lindorff-Larsen K (2021) DEER-PREdict: Программное обеспечение для эффективного расчета данных ЭПР и ЯМР со спиновой маркировкой из конформационных ансамблей. PLoS Comput Biol 17(1): е1008551. https://doi.org/10.1371/journal.pcbi.1008551

Редактор: Дина Шнейдман-Духовны, Еврейский университет в Иерусалиме, ИЗРАИЛЬ

Получено: 18 августа 2020 г .; Принято: 19 ноября 2020 г .; Опубликовано: 22 января 2021 г.

Авторское право: © 2021 Tesei et al.Это статья с открытым доступом, распространяемая в соответствии с условиями лицензии Creative Commons Attribution License, которая разрешает неограниченное использование, распространение и воспроизведение на любом носителе при условии указания автора и источника.

Доступность данных: Программное обеспечение доступно на GitHub https://github.com/KULL-Centre/DEERpredict. DEER-PREdict также распространяется в виде пакета PyPI (https://pypi.org/project/DEERPREdict) и заархивирован на Zenodo (https://doi.org/10.5281/zenodo.3968394). DEER-PREdict распространяется под лицензией GPL версии 3.

Финансирование: M.B.A.K. признает финансирование от Фонда Лундбек (lundbeckfonden.com). Р.К. признает финансирование от MINECO (CTQ2016-78636-P, https://www.mineco.gob.es/). К.Л.-Л. признает финансирование в виде стартового гранта Sapere Aude от Датского совета по независимым исследованиям (Natur og Univers, Det Frie Forskningsråd, 12-126214, https://dff.dk/) и инициативы BRAINSTRUC Фонда Лундбека в области структурной биологии (R155-2015). -2666, Лундбекфонден.ком). Спонсоры не участвовали в разработке исследования, сборе и анализе данных, принятии решения о публикации или подготовке рукописи.

Конкурирующие интересы: Авторы заявили об отсутствии конкурирующих интересов.

Это документ PLOS Computational Biology Software.

Введение

Детальное понимание функции белка часто требует точного описания структуры и динамики белка.Характеристика белковых комплексов, а также многодоменных и неупорядоченных белков обычно достигается путем объединения экспериментальных методов с различным пространственным разрешением [1]. Среди многих различных экспериментальных методов, которые могут быть использованы, мы сосредоточимся здесь на (i) методе импульсного электронного парамагнитного резонанса (ЭПР), называемом двойным электрон-электронным резонансом (DEER), и (ii) методе ядерного магнитного резонанса (ЯМР), называемом парамагнитным. усиление релаксации (PRE). Хотя эти два метода существенно различаются по своей физике и применению, их объединяет то, что они обычно включают добавление так называемых спиновых меток к интересующему белку.

DEER, также иногда известный как импульсный электрон-электронный двойной резонанс (PELDOR), [2–6] основан на зондировании магнитных диполь-дипольных взаимодействий, которые чувствительны к распределениям расстояний между остатками в диапазоне от ∼1,8 нм до ∼8 нм, и до 16 нм у дейтерированных растворимых белков [7–10]. Для белков DEER обычно требует сайт-направленного спинового мечения (SDSL) для функционализации пары выбранных остатков с помощью парамагнитных зондов, например. 1-Оксил-2,2,5,5-тетраметилпирролин-3-метилметантиосульфонат (МЦСЛ) [4].

PRE ЯМР также использует SDSL для получения информации о средней близости ядер белкового остова на расстоянии до ~3,5 нм от неспаренного электрона парамагнитного зонда [11]. Зависимость скорости усиления релаксации от электрон-протонного расстояния, r , масштабируется как 〈 r ^-6 〉, что делает измерение особенно чувствительным к вкладам от различных конформаций зонда [11].

Поскольку спиновые метки являются конформационно-динамическими, как белковые, так и парамагнитные зонды должны быть описаны конформационными ансамблями, чтобы получить точные предсказания наблюдаемых DEER и PRE из молекулярных моделей [12–14].Моделирование молекулярной динамики (МД) является одним из подходов к получению конформационных ансамблей, которые моделируют структуру и динамику спиновых меток для расчета данных ЭПР и ЯМР [15-18]. Хотя такие анализы могут обеспечить уникальное понимание движений и взаимодействий между белком и спиновой меткой [19], они могут быть относительно дорогими в вычислительном отношении. Кроме того, многие исследования объединяют результаты нескольких положений датчиков или их пар, которые может быть трудно представить в одном моделировании МД с явным представлением датчиков.

Другой подход заключается в использовании конформационного анализа спиновой метки в сочетании с моделированием динамики [20–23]. Такой анализ позволяет предположить, что конформационная вариация меченых спином сайтов является ротамерной, т. е. может быть относительно хорошо описана конечным числом определенных структур. Таким образом, при расчете данных DEER быстрое моделирование динамических парамагнитных зондов стало возможным благодаря внедрению подхода библиотеки ротамеров (RLA), примененного к зонду MTSSL Polyhach et al .[24].

Здесь, основываясь и расширяя более раннюю работу [3, 24–27], мы разработали программный инструмент для быстрого прогнозирования наблюдаемых DEER и PRE по большим конформационным ансамблям с использованием RLA. Мы представляем нашу реализацию, распространяемую как программное обеспечение DEER-PREdict, и проверяем ее на соответствие экспериментальным данным по протеазе ВИЧ-1, лизоциму Т4 и ацил-КоА-связывающему белку. Это программное обеспечение ранее использовалось для расчета как внутри-, так и межмолекулярных данных DEER и PRE ЯМР [28, 29] и имеет некоторое совпадение с функциями RotamerConvolveMD [25] (github.com/MDAnalysis/RotamerConvolveMD). DEER-PREdict имеет открытый исходный код, задокументирован (deerpredict.readthedocs.io) и открыт для участия сообщества.

Дизайн и реализация

DEER-PREdict написан на Python и доступен в виде Python API, что облегчает его интеграцию в более крупные конвейеры данных. Прогнозы данных DEER и PRE выполняются с помощью классов DEERpredict и PREpredict. Оба класса инициализируются белковыми структурами (предоставленными как объекты MDAnalysis [30] Universe) и спин-мечеными позициями (номера остатков и идентификаторы цепей).Как показано в разделе Results , расчеты запускаются функцией run , которая также устанавливает дополнительные атрибуты, такие как пути к входным и выходным файлам, а также параметры эксперимента. Покадровые данные сохраняются в сжатых двоичных файлах (файлы HDF5 и pickle), что позволяет быстро вычислять средние значения по ансамблю в схемах повторного взвешивания.

Для представленного программного обеспечения мы используем процедуру размещения ротамеров и оценки помеченных сайтов, которая аналогична RLA Polyhach et al .[24], и мы опираемся на эту предыдущую работу, чтобы реализовать быстрые вычисления наблюдаемых DEER и PRE из больших структурных ансамблей, таких как траектории MD.

Подход к библиотеке Rotamer

Библиотеки

Rotamer имеют долгую историю структурного анализа белков [31], причем раннее применение было для изучения упаковки боковых цепей [32]. Позже были использованы несколько других приложений этого подхода, например. в моделировании гомологии и дизайне белков [33, 34]. В нашей реализации RLA используется для вставки ротамерных конформаций парамагнитного зонда в сайт, меченный спином, и для расчета веса Больцмана каждого конформера.По умолчанию мы используем библиотеку ротамеров MTSSL 175 K от Polyhach et al . [24], который был отфильтрован, чтобы включить только конформации х ₁ х ₂ , наиболее часто встречающиеся в кристаллических структурах лизоцима Т4 [35]. Как показано Клозе и др. . [26], этот критерий выбора повышает точность расчетов распределений электрон-электронных расстояний. Однако код является общим, и можно добавить новые библиотеки ротамеров, предоставив текстовый файл, содержащий веса Больцмана для каждого состояния ротамера, файл топологии (формат PDB) и файл траектории (формат DCD), где ротамеры выровнены с относительно плоскости, определяемой атомом C α и пептидной связью C–N.Эти файлы должны быть включены в папку lib и перечислены в файле yaml DEERPREdict/lib/libraries.yml . Библиотеки ротамеров MTSSL 298 K MC/UFF C α S δ по умолчанию из набора инструментов моделирования MMM на основе Matlab [13] также предоставляются в пакете DEER-PREdict.

После выравнивания ротамера с белковой основой (C α , атомы C и N) расчет весов Больцмана основан на сумме вкладов внутренней и внешней энергии.Внутренний вклад взят из Polyhach et al . [24] и результаты кластеризации репрезентативных двугранных комбинаций из моделирования МД. Нормализованная частота каждого кластера на протяжении МД-траектории использовалась для определения вероятности Больцмана данного i ^th состояния, которое легко может быть преобразовано во вклад внутренней энергии , посредством инверсии Больцмана. С другой стороны, вклад внешней энергии рассчитывается на лету как энергия дисперсионного взаимодействия между тяжелыми атомами ротамера и остатками белка в пределах 1-нм отсечки, используя парный потенциал Леннарда-Джонса 6-12 силового поля CHARMM36, с размерами атомов, масштабированными входным параметром sigma_scaling , который по умолчанию равен 0.5, как в наборе инструментов моделирования МММ (http://www.epr.ethz.ch/software) [13].

Затем общая вероятность состояния ротамера i ^th рассчитывается как (1) где представляет собой стерическую статистическую функцию, количественно определяющую соответствие ротамера конформации встраивающегося белка. Низкие значения Z являются результатом больших энергий ван-дер-ваальсового взаимодействия зонд-белок, что предполагает плотное размещение спиновой метки либо из-за смещения ротамеров, либо указывает на конформацию дикого типа, ставшую недоступной из-за присутствия MTSSL. зонд.Особенно в свернутых белках зонды, расположенные в плотно упакованных областях, могут вызывать изменения в ансамбле спин-меченого белка по сравнению с нативной формой, и их следует избегать при разработке экспериментов с SDSL. Поэтому при расчете наблюдаемых DEER или PRE ЯМР кадры с Z < 0,05 отбрасываются, чтобы предотвратить вклад ложных конформеров в среднее по ансамблю [24]. Для библиотеки ротамеров MTSSL 175 K пороговое значение Z , равное 0,05, совместимо с распределениями значений, при которых не более одного из 46 ротамеров имеет k _B T , а остальные имеют _{4 4. Б} Т .Мы заметили, что результаты, показанные в этой статье, практически не зависят от выбора порога Z между 0,05 и 0,5 (см. рис. S1), поэтому в DEER-PREdict порог Z по умолчанию может быть легко заменен пользователем. -приведенная стоимость.

Прогнозирование сигнала DEER по структурным ансамблям

Распределения расстояний между электронами, извлеченные из экспериментов DEER, т.е. с использованием пакета DeerLab [36], ранее регулярно сравнивались с распределениями, предсказанными с использованием RLA, реализованного в наборе инструментов моделирования MMM на основе Matlab (http://www.epr.ethz.ch/software) [13]. Поскольку MMM по своей сути работает с отдельными структурами, нам и другим пришлось прибегнуть к сценариям-оболочкам для вычисления распределений расстояний больших ансамблей, таких как траектории MD [3, 25, 37]. С помощью программы, представленной здесь, мы предоставляем инструмент для удобного прогнозирования распределений расстояний DEER из больших конформационных ансамблей, которые можно легко интегрировать в схемы повторного взвешивания, такие как процедура Байеса/максимальной энтропии [1, 14, 38, 39].

Для каждого кадра траектории или конформации данного ансамбля ротамеры из библиотеки помещаются в помеченное спином положение (рис. 1А) и рассчитываются расстояния между всеми парными комбинациями N-O парамагнитных центров.Результирующая матрица парных расстояний затем используется для вычисления распределения расстояний, взвешенного по комбинированной вероятности каждой конфигурации зонда, p _i × p _j , где p , с p i и p _j — конформационные вероятности ротамеров i и j . После усреднения по всем кадрам к распределению по расстоянию применяется фильтр нижних частот для уменьшения шума [40], (2) где и — операторы преобразования Фурье и обратного преобразования Фурье соответственно, тогда как σ — стандартное отклонение фильтра нижних частот.В результате P ( r ) представляет собой гладкую кривую даже для анализа конформации одного белка (рис. 1В). Стандартное отклонение фильтра нижних частот может быть легко задано пользователем с помощью опции filter_stdev функции run в классе DEERpredict , переопределяющей значение по умолчанию 0,5 Å. Среднее значение по кадрам траектории может быть взвешено с помощью указанного пользователем списка весов, например. чтобы устранить погрешность расширенного моделирования выборки.

Рис. 1. Схема размещения зонда и сравнение с данными DEER.

(A) Пул из 46 конформаций зонда MTSSL из библиотеки ротамеров выровнен по остову остатков K55 и K55’ протеазы ВИЧ-1. Цветовой код представляет вес Больцмана каждого ротамера, возрастающий от синего до красного. (B) Распределение электрон-электронных расстояний для спиновой метки протеазы ВИЧ-1, меченной остатками K55 и K55’. Синяя линия — экспериментальные данные Торбеева и др. .[44], тогда как красная линия представляет собой прогноз с использованием DEER-PREdict и кристаллической структуры протеазы ВИЧ-1 (код PDB 3BVB).

https://doi.org/10.1371/journal.pcbi.1008551.g001

Сигнал диполярной модуляции можно вычислить обратно из распределения расстояний, P ( r ), с помощью следующего интеграла [41] (3) K ( r , t ) ядро ​​DEER (4) где FrC и FrS — функции косинуса и синуса Френеля, а ω — дипольная частота. (5) где μ ₀ — проницаемость свободного пространства, μ _B — магнетон Бора и g — g-фактор электрона.Диапазоны межпозвондучного расстояния и времени [0, R MAX ] и [ T _мин , T

5 MAX 6] С приращениями D R = 0,05 нм и d t соответственно. Значения по умолчанию R MAX 6 = 12 нм, T 5 мин 6 = 0,01 μ S, T MAX

= 5,5 μ S и D T = 0.01 μ с может быть изменено пользователем. После корректировки экспериментальной кривой DEER на межмолекулярный фон [36, 42] полученный форм-фактор можно непосредственно сравнить с (6) где 0,02 ≤ λ ≤ 0,5 — глубина модуляции экспериментального сигнала [43], количественно характеризующая эффективность импульса накачки DEER [8].

Прогнозирование коэффициентов PRE и коэффициентов интенсивности

По аналогии с расчетами электрон-электронных расстояний для прогнозирования распределений DEER мы распространили использование RLA на электрон-протонные разделения, чтобы повысить точность прогнозов PRE.Здесь мы сосредоточимся на экспериментах PRE ЯМР, которые исследуют увеличение скорости поперечной релаксации любого протона основной цепи из-за диполярного взаимодействия с неспаренным электроном парамагнитного зонда: (7) где и – скорости поперечной релаксации в присутствии спиновой метки в окисленном или восстановленном (диамагнитном) состоянии соответственно. Мы отмечаем, что также возможно измерять PRE на других атомах и исследовать усиление продольной релаксации, и можно было бы включить такие измерения в будущие версии DEER-PREdict.

Описание усиления поперечной релаксации за счет диполь-дипольных взаимодействий в парамагнитных растворах впервые было предложено Соломоном и Блумбергеном [45, 46] (8) Там, где γ 5 I I I I I — это гиромагнитное соотношение и частота лармора протона, соответственно, тогда как S _E — это квантовое число спина электронов, равное 1/2 для систем датчиков нитроксида.Функция спектральной плотности J ( ω _I ) может быть описана с помощью безмодельного формализма [47–50], учитывающего общую акробатику молекул во внешнем магнитном поле, а также внутреннюю движение спиновой метки: (9) куда (10) а также (11) τ _r — время корреляции вращения белка, τ _с — эффективная скорость электронной корреляции и τ _{3 движение (эффективное время корреляции спиновой метки).Для зондов MTSSL τ S} R R R C C ≈ τ 5 R [51] Величина τ _c зависит от размера и структуры белка и обычно составляет порядка 1–10 нс [27, 52–55]. Для τ _i можно принять значения от 100 до 500 пс на основании, например, ¹⁵ Скорость спиновой релаксации N и МД моделирование [56, 57].В общем, τ _c и τ _i могут быть указаны в качестве пользовательского ввода в DEER-PREdict.

Для обобщенного параметра порядка, S , мы используем факторизацию вкладов радиальных и угловых внутренних движений, введенную Брушвейлером и др. . [49], . Выражения для и были получены из модели скачка, которая рассматривает конформеры N библиотеки ротамеров как дискретные состояния N с равной вероятностью (1/ N ) [50].В действительности различные двугранные углы спиновой метки имеют разные барьеры свободной энергии, что приводит к времени пребывания между скачками от менее 1 до нескольких нс [17]. (12) где r — протон-электронное расстояние, а скобки обозначают средние по конформерам, взвешенные соответствующими весами Больцмана, p _i , т. е. и . (13) где Ω — угол между векторами r _i и r _j , соединяющими основной протон с состояниями i th и j 9005 th 9005 соответственно.Скорость усиления релаксации для одной структуры белка рассчитывается с использованием уравнения 8, и, предполагая, что движение парамагнитной метки происходит намного быстрее, чем конформационные изменения белка, среднее по ансамблю оценивается как (14) где M — количество конфигураций или кадров траектории моделирования. В случае несмещенного моделирования статистические веса w _l равны просто 1/ M . При желании список весов может быть предоставлен пользователем, например.грамм. для повторного взвешивания предвзятого моделирования MD [58, 59] или для включения прогноза частоты PRE в байесовскую/максимальную энтропийную схему повторного взвешивания [1].

Для образцов с особенно высокими скоростями PRE может оказаться невозможным получить Γ ₂ из нескольких измерений в момент времени [60]. В таких и других случаях ПРЭ иногда определяют косвенно по соотношению интенсивностей пиков в спектрах ¹ H, ¹⁵ N-HSQC спин-меченого белка в окисленном и восстановленном состоянии.Если предположить, что интенсивность протонной намагниченности спадает экспоненциально — только за счет поперечной релаксации — в течение всего времени INEPT измерения HSQC [61], t _d , отношение интенсивностей оценивается как (15)

Требования и установка

Основные требования — Python 3.6–3.8 и MDAnalysis 1.0 [30, 62]. В среде с Python 3.6–3.8 DEER-PREdict можно легко установить через диспетчер пакетов PIP, выполнив

1 пункт установка DEERPREdict

Стабильность упаковки

Тесты, воспроизводящие данные DEER и PRE для исследуемых в данной статье белковых систем, а также для нанодиска [29], выполняются автоматически с использованием Travis CI (travis-ci.com/github/KULL-Centre/DEERpredict) каждый раз, когда код изменяется в репозитории GitHub. Те же тесты также можно запускать локально с помощью инструмента запуска тестов pytest.

Результаты

Далее мы представляем применение нашего инструмента для прогнозирования распределений расстояний DEER и соотношений интенсивностей PRE для трех свернутых белков.

Фрагменты кода, указанные в этом разделе, относятся к DEER-PREdict версии 0.1.7. Блокнот Jupyter для воспроизведения показанных ниже результатов (статья .ipynb ) можно найти в папке tests/data в репозитории GitHub. Актуальная документация доступна на сайте deerpredict.readthedocs.io.

Пример 1: данные DEER по протеазе ВИЧ-1

Протеаза ВИЧ-1 (ВИЧ-1PR) представляет собой гомодимерную аспарагингидролазу, участвующую в расщеплении полипротеинового комплекса gag-pol. Ингибирование этого процесса влияет на жизненный цикл вируса ВИЧ-1, делая его неинфекционным [63]. Мономер ВИЧ-1PR состоит из 99 остатков и представляет собой структурно стабильную сердцевинную область (остатки 1-43 и 58-99) и динамическую область, характеризующуюся поворотом шпильки β , называемую лоскутом (остатки 44-57). .Активный центр расположен в промежутке между центральными областями двух мономеров, рядом с каталитическими остатками D25. Эта полость закрыта динамическими лоскутными областями, которые считаются воротами, контролирующими доступ к активному центру. Динамика лоскутных областей имеет первостепенное значение для развития ингибиторов и широко изучалась как экспериментально, так и in silico [44, 64–69]. Основываясь на относительном положении лоскутов, были предложены три основных конформационных состояния.В рентгеновской кристаллографии закрытое состояние обычно наблюдается для фермента, связанного с лигандом (например, PDB кодирует 3BVB [70] и 2BPX [71]), полуоткрытое состояние преобладает для апо-формы (например, код PDB 1HHP [71]). 72]), тогда как широко открытое состояние наблюдалось для вариантов (например, коды PDB 1TW7 [73] и 1RPI [74]) [69]. В измерениях DEER эти конформационные состояния могут быть разрешены с помощью сайтов спиновой маркировки K55 и K55 ‘(см. S1 Text и S2 Fig).

Чтобы оценить предсказательную способность DEER-PREdict, мы создали конформационные ансамбли гомодимера HIV-1PR с помощью двух различных подходов: (а) одно несмещенное моделирование МД на 500 нс и (б) четыре независимых моделирования МД на 125 нс с ограничениями. с экспериментальными данными об остаточной дипольной связи (RDC) [58, 75] от Roche et al .[65, 66] (методологические подробности см. в тексте S1). Исходной конфигурацией нашего моделирования является рентгеновская кристаллическая структура мутанта активного сайта D25N, связанного с ингибитором дарунавиром (код PDB 3BVB).

На рис. 2 представлено сравнение экспериментальных распределений расстояний DEER и кривых интенсивности эха с прогнозами, полученными на основе моделирования траекторий 1000 кадров, отбираемых каждые 0,5 нс. Кривые интенсивности эха рассчитываются с использованием уравнения 6, где λ оценивается как 0,0922 путем подгонки экспериментальной функции эволюции диполя к соответствующей кривой, полученной из экспериментального P ( r ) с помощью уравнения 3.Для одной траектории анализ выполняется за 13 с на процессоре с частотой 1,7 ГГц при выполнении следующего кода:

1 импорт MDanalysis

2 из DEERPREdict.DEER импорт DEERpredict

3 u = MDanalysis.Universe(‘conf.pdb’,’traj.xtc’)

4 DEER = DEERpredict(u,остатки=[55, 55],цепи=[‘A’,’B’],температура = 298)

5 ОЛЕНЬ.run()

Третья строка генерирует объект MDanalysis Universe из траектории XTC и топологии PDB. Четвертая строка инициализирует объект DEERpredict номерами остатков, помеченными спином, и соответствующими идентификаторами цепочки.Пятая строка запускает расчеты и сохраняет усредненные по кадрам и по ансамблю данные в res-55-55.hdf5 и res-55-55.dat соответственно, а также стерические статистические суммы сайтов K55 и K55′ в файл res-Z-55-55.dat .

Рис. 2. Сравнение экспериментов и моделирования для HIV1-PR.

Распределение расстояний DEER (A) и кривые интенсивности эха (B), полученные Torbeev et al . [44] из экспериментов DEER (синий) и рассчитано с использованием DEER-PREdict на основе несмещенного (оранжевый) и МД-моделирования со смещением ансамбля RDC (красный).

https://doi.org/10.1371/journal.pcbi.1008551.g002

В экспериментальном распределении расстояний основной пик при ~3,3 нм соответствует закрытому состоянию, тогда как второй пик между 4 и 5 нм характерен для широко открытое состояние. Пик плеча при ~2,8 нм был идентифицирован как открытое состояние, известное как конформация скрученная/подвернутая [9, 76, 77]. Результаты нашего беспристрастного и ограниченного моделирования в основном согласуются с выводами Roche et al .[65, 66], указывая на то, что лоскуты не содержащего ингибитора ВИЧ-1PR находятся преимущественно в закрытой конформации. По сравнению с распределением расстояний, рассчитанным по стартовой конфигурации PDB-кода 3BVB (см. рис. 1), прогнозы по МД-траекториям более точно воспроизводят форму плеча и основной пик экспериментального P ( r ). Более того, использование данных RDC в качестве ограничений приводит к значительному улучшению согласия между моделированием и экспериментом, при этом RMSD уменьшается от 0.07 для несмещенного до 0,03 для моделирования ансамблевого смещения RDC. Однако при моделировании мы не наблюдаем широко открытого состояния. Это несоответствие может быть связано с недостаточным отбором проб или может быть связано с различием в последовательности между смоделированным белком и экспериментальной конструкцией.

Пример 2: данные DEER для лизоцима T4

Лизоцим бактериофага Т4 (T4L) уже давно используется в качестве модельной системы при изучении структуры и динамики белков [78–83].Здесь мы сосредоточимся на L99A и тройных мутантах L99A-G113A-R119P, которые структурно сходны и в основном различаются относительными популяциями их основных конформационных состояний. Вариант L99A представляет собой гидрофобный карман размером 150 Å ³ , способный связывать гидрофобные лиганды, и был тщательно изучен для дальнейшего понимания динамики и селективности связывающего кармана [78, 84]. Вариант L99A занимает два различных конформационных состояния: основное состояние (G) и переходное возбужденное состояние (E), что составляет 97% и 3% популяции соответственно.Крупномасштабные движения, переводящие G в состояние E, происходят в миллисекундном масштабе времени и приводят к закупорке полости, которую занимает боковая цепь F114 в состоянии E [82]. Дополнительные мутации G113A и R119P в тройном мутантном варианте взаимно преобразуют популяции конформационных состояний до 4% для состояния G и 96% для состояния E [82] — обратите внимание, что здесь и далее мы ссылаемся на Состояния G и E основаны на их структурном сходстве с вариантом L99A, а не на их относительной популяции.Эти конформационные равновесия были изучены DEER для различных пар спин-меченых сайтов, которые эффективно разрешают состояния G и E как отдельные пики P ( r ) [83].

Здесь мы сравниваем распределения расстояний DEER, рассчитанные с помощью DEER-PREdict для двух пар положений датчиков (D89C–T109C и T109C–N140C), с соответствующими экспериментальными данными Lerch et al . [83]. Во-первых, мы вычисляем P ( r ) одиночных состояний, используя код PDB 3DMV для состояний G и коды PDB 2LCB и 2LC9 для состояний E одиночных и тройных мутантов соответственно.Во-вторых, P ( r ) линейно комбинируются на основе экспериментально полученных соотношений популяций G и E (97:3 для L99A и 4:96 для L99A-G113A-R119P) [82]. Кроме того, мы прогнозируем распределения расстояний DEER на основе ранее опубликованного моделирования метадинамики MD L99A и L99A-G113A-R119P [80] (методологические подробности см. в тексте S1). В этих расчетах среднееe над траекторией взвешено Exp ( F 5 Bias B

B T ), где F _Bias — это окончательная статическая смещение для каждого кадра и k _B T — тепловая энергия.Анализ траектории 6670 кадров выполняется за 3 минуты на процессоре с частотой 1,7 ГГц, выполняющем следующие строки кода:

1 импорт MDanalysis

2 из DEERPREdict.DEER импорт DEERpredict

3 импортировать numpy как np

4 u = MDAnalysis.Universe(‘conf.pdb’,’traj.xtc’)

5 для остатков в [[89, 109], [109, 140]]:

6  DEER = DEERpredict(u,остатки = остатки, температура = 298,z_cutoff = 0,1)

7  DEER.run(веса = np.exp(Fbias/(0,298*8,3145)))

В шестой строке мы указываем положения спин-меток, температуру, при которой выполнялось моделирование метадинамики, и нестандартное значение для отсечки Z . В седьмой строке мы указываем веса каждого кадра траектории, сгенерированные из массива значений F _{смещения} .

На рис. 3 показано сравнение экспериментальных распределений расстояний, полученных Lerch и др. . [83] и наши предсказания.В целом рассчитанные распределения попадают в экспериментальные диапазоны межзондовых расстояний и особенно точны для спин-меченой пары D89C-T109C при моделировании метадинамики. Более острая форма экспериментальных P ( r ) по сравнению с расчетными распределениями может быть связана с криогенными температурами, при которых проводятся эксперименты DEER, тогда как моделирование проводилось при комнатной температуре. Для спин-меченой пары T109C-N140C тройного варианта несоответствие между предсказанными и рассчитанными P ( r ) может быть объяснено тем, что расстояния короче 1.5 нм ниже диапазона, измеренного в экспериментах DEER. С другой стороны, неточные предсказания T109C–N140C P ( r ) для одиночного (L99A) варианта больше, чем ожидалось. Такие расхождения могут быть связаны как с ошибками в структуре белка, так и с ошибками в DEER-расчетах. Хотя наши результаты не позволяют различать эти сценарии, мы следуем предыдущей работе [14], исследуя, можно ли объяснить расхождения ошибкой в ​​больцмановских вероятностях состояний ротамера, .Таким образом, мы используем процедуру байесовской/максимальной энтропии (BME), чтобы показать, что небольшое изменение исходных весов ротамеров может привести к существенному улучшению согласия с экспериментальными данными (см. текст S1 и рис. S3).

Рис. 3. Сравнение экспериментов с моделированием и структурой вариантов лизоцима T4.

Распределение расстояний DEER для положений датчиков (A) D89C–T109C и (B) T109C–N140C одинарного (синий) и тройного вариантов (красный). Сплошные линии — экспериментальные данные Lerch et al .[83], пунктирные линии рассчитаны на основе кодов PDB, а пунктирные линии представляют собой прогнозы на основе моделирования метадинамики (MTD) Вана и его сотрудников [80].

https://doi.org/10.1371/journal.pcbi.1008551.g003

Пример 3: данные PRE для ацил-КоА-связывающего белка

RLA хорошо известен в сообществе EPR и обычно предпочитается, например, подход на основе C α , как обсуждалось в другом месте [3, 13, 26]. В представленном программном обеспечении мы применяем то же улучшенное моделирование гибкости зонда также для прогнозирования скорости PRE и коэффициентов интенсивности.

Наши тестовые данные представляют собой данные PRE для бычьего белка, связывающего ацил-коэнзим А (ACBP), о которых сообщили Teilum et al . [53]. В этом исследовании структурное поведение ACBP в нативных и умеренно денатурирующих условиях исследовали с помощью SDSL пяти позиций в аминокислотной последовательности: T17C, V36C, M46C, S65C и I86C. Здесь мы сосредоточимся на нативном состоянии ACBP, для которого структура ЯМР, включающая 20 конформеров, была уточнена по остаточным диполярным связям (RDC) и помещена в банк данных белков (код PDB 1NTI).На рис. 4 показано сравнение между экспериментальными данными и отношениями интенсивностей, рассчитанными на основе значений Γ ₂ , усредненных по 20 конформациям записи PDB. Хорошее общее согласие достигается при различных положениях зонда. Примечательно, что, используя RDC-уточненную структуру, мы воспроизводим большинство структурных особенностей, наблюдаемых в экспериментах PRE, в том числе близость остатков 24, 27, 31 и 34 к спин-меченому остатку 86, что согласуется с спирально-поворотной структурой. -спиральный мотив.Прогнозируемые отношения интенсивности генерируются за 1,5 с на процессоре с частотой 1,7 ГГц, выполняющем следующий код:

1 импорт MDanalysis

2 из DEERPREdict.PRE импортировать PREpredict

3 u = MDAnalysis.Universe(‘1nti.pdb’)

4 для разрешения в [17, 36, 46, 65, 86]:

5  PRE = PREpredict(u,res,temperature = 298,atom_selection=’H’)

6  PRE.run (tau_c = 2e-09, tau_t = 2*1e-10, задержка = 1e-2, r_2 = 12,6, wh = 750)

В третьей строке мы загружаем код PDB 1NTI как объект MDanalysis Universe.Затем мы используем цикл for для расчета данных PRE на основе расстояний между протонами амида и спиновой меткой NO-группы в пяти различных положениях аминокислотной последовательности. В последней строке мы указываем τ C 3 C 6 = 2 NS, τ T 6 = 0,2 нс, T D = 10 мс, R ₂ = 12,6 s ⁻¹ и ω _I = 2 π × 750 МГц.Данные PRE, усредненные по кадрам и по ансамблю, автоматически сохраняются в файлы с именами res-*.pkl и res-*.dat соответственно, тогда как функции пространственного разделения для каждого кадра сохраняются в res-Z-*. Дата .

Рис. 4. Рассчитанные и экспериментальные отношения интенсивностей PRE HSQC для мутантов T17C, V36C, M46C, S65C и I86C ACBP.

Синие линии представляют экспериментальные данные [53] с соответствующей ошибкой ±0,1, показанной областями, заштрихованными синим цветом. Красные линии представляют отношения интенсивностей, рассчитанные по коду PDB 1NTI с τ _c = 2 нс, τ _t = 0.2 нс, t _d = 10 мс, R ₂ = 12,6 с ⁻¹ .

https://doi.org/10.1371/journal.pcbi.1008551.g004

Как подробно описано в S1 Text и S4 Fig, стерические функции распределения, предоставляемые DEER-PREdict, могут использоваться для прогнозирования того, является ли положение в последовательности вероятным. для размещения парамагнитного зонда в структуре дикого типа. Помимо облегчения интерпретации экспериментальных данных, эта функция может быть полезной для разработки и повышения успешности экспериментов SDSL, требующих больших затрат времени и труда.

Как обсуждалось ранее, явная обработка парамагнитного зонда может иметь решающее значение для точного обратного расчета данных DEER и даже в большей степени для прогнозов PRE из-за 〈 r ⁻⁶ 〉-зависимости PRE . Обычный способ ограничить МД-моделирование или провести обратный расчет экспериментальных данных PRE без явного моделирования парамагнитного зонда состоит в том, чтобы приблизить положение электрона к положению атома C β спин-меченого остатка [85].Преимущество этого подхода заключается в том, что (а) несколько сайтов мечения могут быть проанализированы в одном моделировании и (б) явный атом присутствует в моделировании, что упрощает расчет PRE. Однако расчеты на основе C β могут быть склонны к завышению или занижению электрон-протонных расстояний на несколько Å, что приводит к систематической ошибке. Влияние приближения C β на точность прогнозов PRE показано на рисунках S5 и S6 для случая ACBP (см. также текст S1).

Заключение

Мы представили программное обеспечение с открытым исходным кодом с быстрой реализацией RLA в тандеме с усреднением ансамбля белков для расчета данных DEER и PRE. Используя три примера, мы выделили возможности нашей реализации: (а) расширение RLA для данных DEER из ансамбля белков и (б) расчет скорости PRE и коэффициентов интенсивности с тем же подходом.

Структурная интерпретация измерений DEER и PRE требует точной обработки структуры и конформационной неоднородности спиновых меток.В представленном ПО это достигается с помощью RLA и, в случае PRE, безмодельного подхода к описанию динамики. По сравнению с моделированием мутантов с явной спиновой меткой, RLA представляет особое преимущество, позволяя прогнозировать несколько экспериментов SDSL на основе одного моделирования последовательности дикого типа.

Доступность и будущие направления

Программное обеспечение реализовано с использованием популярного пакета анализа траекторий MDAnalysis, версия 1.0 [30] и доступен на GitHub по адресу github.com/KULL-Centre/DEERpredict. DEER-PREdict также распространяется в виде пакета PyPI (pypi.org/project/DEERPREdict) и заархивирован на Zenodo (DOI: 10.5281/zenodo.3968394). DEER-PREdict и MDanalysis публикуются и распространяются по лицензиям GPL версии 3 и 2 соответственно.

DEER-PREdict имеет общую структуру и может быть легко расширен для включения небелковых биомолекул, а также дополнительных библиотек ротамеров парамагнитных групп. Кроме того, программное обеспечение может быть дополнено модулем для прогнозирования данных переноса энергии резонанса Фёрстера, объединяя процедуры вставки, уже реализованные для зондов MTSSL, с библиотеками ротамеров для флуоресцентных красителей.

Вспомогательная информация

S1 Рис. Влияние отсечки

Z на предсказанные данные DEER и PRE ЯМР.

(A) Распределения расстояний DEER, рассчитанные на основе MD-моделирования ВИЧ-1PR, ориентированного на ансамбль RDC. (Б) Прогнозируемые отношения интенсивности для спина ACBP на месте 86, полученные из PDB-код 1NTI с τ _{C 6 = 2 NS, τ T = 0,2 нс, T D = 10 мс, R 2 = 12.6 с ⁻¹ . Прогнозы DEER и PRE выполняются с использованием трех различных значений отсечки стерической статистической суммы, Z , а именно 0,05 (синие линии), 0,5 (оранжевые линии) и 0,8 (красные линии).}

https://doi.org/10.1371/journal.pcbi.1008551.s002

(TIF)

S2 Рис. Сравнение данных DEER от Torbeev

и др. . [44] с рентгеновскими кристаллическими структурами, депонированными в Protein Data Bank.

Распределение расстояний DEER (A) и кривые интенсивности эха (B), полученные Torbeev et al .[44] из экспериментов DEER (синий) и рассчитано с использованием рентгеновских кристаллических структур, представляющих закрытые (код PDB 2BPX, оранжевый), полуоткрытые (код PDB 1HHP, зеленый) и широко открытые (код PDB 1TW7, красный) Конформации ВИЧ-1PR.

https://doi.org/10.1371/journal.pcbi.1008551.s003

(TIF)

S3 Рис. Оптимизация веса ротамера с использованием байесовской/максимальной энтропийной процедуры.

(A) χ ² vs φ _эфф для различных значений доверительного параметра, θ .(B) Распределения расстояний, рассчитанные на основе кодов PDB 3DMV и 2LCB с использованием оптимизированных весов, полученных для различных значений θ . (C) Исходный [24] и модифицированный вес библиотеки ротамеров MTSSL 175 K после повторного взвешивания BME с θ = 4. Распределения расстояний DEER для положений зонда (D) D89C–T109C и (E) T109C–N140C одиночного ( синий) и тройной вариант (красный). Сплошные линии — экспериментальные данные Lerch et al . [83]; пунктирные и пунктирные линии взяты из кодов PDB 3DMV, 2LC9 и 2LCB с использованием исходной и повторно взвешенной BME ( θ = 4) библиотеки ротамеров MTSSL 175 K.

https://doi.org/10.1371/journal.pcbi.1008551.s004

(TIF)

S4 Рис. Стерическая статистическая сумма, определяющая количественную пригодность ротамеров в спин-меченом сайте.

Стерическая статистическая сумма, рассчитанная на основе ван-дер-ваальсовых взаимодействий ротамер-белок для пяти спин-меченых мутантов ACBP. Горизонтальная пунктирная линия указывает на отсечение, используемое в критерии отбрасывания белковых конформаций, где размещение ротамера характеризуется стерическими столкновениями с окружающими остатками.

https://doi.org/10.1371/journal.pcbi.1008551.s005

(TIF)

S5 Рис. Сравнение прогнозов RLA и C

β на основе PRE.

Отношения интенсивностей PRE для спина ACBP, помеченного в позиции 65, рассчитаны для (A) τ _c = 2 нс и (B) τ _c = 0,5 нс. Синие линии представляют собой экспериментальные данные [53] с соответствующей ошибкой ±0,1, показанной областями, заштрихованными синим цветом. Оранжевые и красные линии представляют прогнозы на основе C β и на основе RLA соответственно.

https://doi.org/10.1371/journal.pcbi.1008551.s006

(TIF)

S6 Рис. Зависимость от

τ _{c c c} СКО между экспериментальными и прогнозируемыми отношениями PRE ACBP: Сравнение оптимальных значений τ _c для подхода RLA по сравнению с 4-β на основе C .

Красная и синяя линии получены с использованием RLA и аппроксимации положения электрона положением атома C β соответственно.Сплошные и пунктирные линии представляют собой значения RMSD, рассчитанные по всем точкам данных и по отношениям интенсивностей в динамическом диапазоне 0,1 < I _para / I _dia < 0,9.

https://doi.org/10.1371/journal.pcbi.1008551.s007

(TIF)

Благодарности

Мы благодарим Роберта Беста за помощь в моделировании с ограничением RDC, а также за работу по расширению DEER-PREdict для прогнозирования экспериментов FRET.

Каталожные номера

1. 1. Ориоли С., Ларсен А.Х., Боттаро С., Линдорфф-Ларсен К. Как учиться на несоответствиях: интеграция молекулярного моделирования с экспериментальными данными. В: Вычислительные подходы к пониманию динамических систем: свертывание и сборка белков. Эльзевир; 2020. с. 123–176.
2. 2. Паннье М., Фейт С., Годт А., Йешке Г., Шписс Х.В. Свободное от мертвого времени измерение диполь-дипольных взаимодействий между электронными спинами. Журнал магнитного резонанса.2000;142(2):331–340. пмид:10648151
3. 3. Bagnéris C, Rogala KB, Baratchian M, Zamfir V, Kunze MBA, Dagless S, et al. Исследование структуры раствора субъединицы γ киназы I κ B (IKK) и ее взаимодействия с белком, взаимодействующим с Flice вируса герпеса Капоши, и субъединицей β IKK с помощью ЭПР-спектроскопии. Журнал биологической химии. 2015;290(27):16539–16549.
4. 4. Клэр Дж. П., Штайнхофф Х. Дж. Спиновая маркировка ЭПР.Исследования фотосинтеза. 2009;102(2-3):377–390. пмид:19728138
5. 5. Фан Г., Ремаут Х., Ван Т., Аллен В.Дж., Пиркер К.Ф., Лебедев А. и др. Кристаллическая структура проводника FimD, связанного с его родственным субстратом FimC-FimH. Природа. 2011;474(7349):49–53. пмид:21637253
6. 6. Клозе Д., Воскобойникова Н., Орбан-Гласс И., Рикерт С., Энгельхард М., Клэр Дж. П. и др. Индуцированное светом переключение конформации и динамики домена HAMP, выявленное с помощью спектроскопии ЭПР с временным разрешением.Письма ФЭБС. 2014;588(21):3970–3976. пмид:25240192
7. 7. Шмидт Т., Вялти М.А., Бабер Дж.Л., Хустедт Э.Дж., Клор Г.М. Измерения на больших расстояниях до 160 Å в Tetradecamer GroEL с использованием ЭПР-спектроскопии DEER в Q-диапазоне. Международное издание Angewandte Chemie. 2016;55(51):15905–15909. пмид:27860003
8. 8. Эдвардс Т.Х., Столл С. Байесовский подход к количественной оценке неопределенности из-за экспериментального шума в спектроскопии DEER. Джей Магн Резон. 2016; 270:87–97. пмид:27414762
9. 9.Кейси ТМ, Фануччи GE. Спиновая маркировка и двойной электрон-электронный резонанс (DEER) для деконструкции конформационных ансамблей протеазы ВИЧ. В: Методы в энзимологии. Эльзевир; 2015. с. 153–187.
10. 10. Йешке Г. Измерение расстояния DEER на белках. Ежегодный обзор физической химии. 2012;63(1):419–446. пмид:22404592
11. 11. Клор Г. М., Ивахара Дж. Теория, практика и применение усиления парамагнитной релаксации для характеристики переходных состояний с низкой заселенностью биологических макромолекул и их комплексов.Chem Rev. 2009;109(9):4108–4139. пмид:19522502
12. 12. Фаджер П., Фаджер М., Завротный М., Ян В. Моделирование структуры спиновой метки и ее влияние на молекулярную характеристику. Методы в энзимологии. 2015;563:623.
13. 13. Йешке Г. МММ: набор инструментов для интегративного структурного моделирования. Белковая наука. 2017;27(1):76–85. пмид:28799219
14. 14. Райхель К., Стелцл Л.С., Кёфингер Дж., Хаммер Г. Прецизионные расстояния DEER от уточнения ансамбля спин-меток.Журнал физико-химических писем. 2018;9(19):5748–5752. пмид:30212206
15. 15. Будил Д.Е., Сале КЛ., Хайры К.А., Фаер П.Г. Расчет спектров парамагнитного резонанса медленных электронов из молекулярной динамики с использованием подхода оператора диффузии. Журнал физической химии А. 2006; 110 (10): 3703–3713. пмид:16526654
16. 16. Дин Ф., Лайтен М., Симмерлинг С. Структура раствора протеазных лоскутов ВИЧ-1 исследована путем сравнения ансамблей моделирования молекулярной динамики и экспериментов ЭПР.Журнал Американского химического общества. 2008;130(23):7184–7185. пмид:18479129
17. 17. Сезер Д., Фрид Дж. Х., Ру Б. Параметризация, моделирование молекулярной динамики и расчет спектров электронного спинового резонанса нитроксидной спиновой метки на полиаланине α -спирали. Журнал физической химии Б. 2008;112(18):5755–5767. пмид:18412413
18. 18. Сюэ Ю, Скрынников НР. Движение неупорядоченной полипептидной цепи, изученное с помощью усиления парамагнитной релаксации, релаксации 15N и моделирования молекулярной динамики: насколько быстрой является сегментарная диффузия в денатурированном убиквитине? Журнал Американского химического общества.2011;133(37):14614–14628. пмид:21819149
19. 19. Сасмал С., Линкофф Дж., Хед-Гордон Т. Влияние парамагнитной спиновой метки на внутренне неупорядоченный пептидный ансамбль амилоида- β . Биофизический журнал. 2017;113(5):1002–1011. пмид:28877484
20. 20. Робинсон Б., Слуцкий Л., Аутери Ф. Прямое моделирование спектров парамагнитного резонанса электронов с непрерывной волной на основе траекторий броуновской динамики. Журнал химической физики. 1992;96(4):2609–2616.
21. 21. Стейнхофф Х.Дж., Хаббелл В.Л. Расчет спектров электронного парамагнитного резонанса по траекториям броуновской динамики: приложение к нитроксильным боковым цепям в белках. Биофизический журнал. 1996;71(4):2201–2212. пмид:8889196
22. 22. Томболато Ф., Феррарини А., Фрид Дж. Х. Динамика нитроксильной боковой цепи в спин-меченых белках. Журнал физической химии Б. 2006; 110 (51): 26248–26259. пмид:17181283
23. 23. Томболато Ф., Феррарини А., Фрид Дж. Х.Моделирование влияния структуры и динамики нитроксильной боковой цепи на спектры ЭПР спин-меченых белков. Журнал физической химии Б. 2006; 110 (51): 26260–26271. пмид:17181284
24. 24. Polyhach Y, Bordignon E, Jeschke G. Ротамерные библиотеки спин-меченых цистеинов для изучения белков. Phys Chem Chem Phys. 2011;13(6):2356–2366. пмид:21116569
25. 25. Stelzl LS, Fowler PW, Sansom MSP, Beckstein O. Гибкие ворота генерируют окклюдированные промежуточные звенья в транспортном цикле LacY.Дж Мол Биол. 2014;426(3):735–751. пмид:24513108
26. 26. Klose D, Klare JP, Grohmann D, Kay CWM, Werner F, Steinhoff HJ. Моделирование против реальности: сравнение прогнозов расстояний In Silico с измерениями DEER и FRET. PloS Один. 2012;7(6):e39492. пмид:22761805
27. 27. Лосось Л., Нодет Г., Озенн В., Инь Г., Дженсен М.Р., Цвекштеттер М. и др. ЯМР-характеристика дальнего порядка в внутренне неупорядоченных белках. J Am Chem Soc. 2010;132(24):8407–8418.пмид:20499903
28. 28. Милкович Н.М., Томасен Ф.Е., Кунео М.Дж., Грейс К.Р., Мартин Э.В., Норс А. и др. Взаимодействие складчатых доменов и неупорядоченного домена низкой сложности в опосредовании фазового разделения hnRNPA1. BioRxiv [Препринт]. 2020; bioRxiv 2020.05.15.096966 [цитировано 12 августа 2020 г.]. Доступно по адресу: https://doi.org/10.1101/2020.05.15.096966.
29. 29. Бенгтсен Т., Холм В.Л., Кьёльби Л.Р., Мидтгаард С.Р., Йохансен Н.Т., Тесей Г. и соавт. Структура и динамика нанодиска путем интеграции экспериментов ЯМР, МУРР и МУРН с моделированием молекулярной динамики.электронная жизнь. 2020;9. пмид:32729831
30. 30. Мишо-Агравал Н., Деннинг Э.Дж., Вульф Т.Б., Бекштейн О. MDAnalysis: набор инструментов для анализа моделирования молекулярной динамики. Журнал вычислительной химии. 2011;32(10):2319–2327. пмид:21500218
31. 31. Библиотеки ротамеров Данбрэка Р.Л. младшего в 21 веке. Современное мнение в структурной биологии. 2002;12(4):431–440.
32. 32. Пондер Дж. В., Ричардс FM. Третичные матрицы для белков. Дж Мол Биол.1987;193(4):775–791. пмид:2441069
33. 33. Бауэр М.Дж., Коэн Ф.Е., Данбрэк Р.Л. Прогнозирование ротамеров боковой цепи белка из библиотеки ротамеров, зависящей от основной цепи: новый инструмент моделирования гомологии. Дж Мол Биол. 1997;267(5):1268–1282. пмид:

    11

34. 34. Desjarlais JR, Handel TM. Дизайн гидрофобных ядер белков de novo. Белковая наука. 1995;4(10):2006–2018. пмид:8535237
35. 35. Флейснер М.Р., Касио Д., Хаббелл В.Л. Структурное происхождение слабоупорядоченного движения нитроксида в спин-меченых белках.Белковая наука. 2009;18(5):893–908. пмид:19384990
36. 36. Ибаньес Л.Ф., Йешке Г., Столл С. DeerLab: Полный набор инструментов для анализа данных диполярной ЭПР-спектроскопии. Обсуждения магнитного резонанса. 2020;.
37. 37. Göddeke H, Timachi MH, Hutter CAJ, Galazzo L, Seeger MA, Karttunen M, et al. Атомистический механизм крупномасштабного конформационного перехода в гетеродимерном ABC-экспортере. Журнал Американского химического общества. 2018;140(13):4543–4551. пмид:29547697
38. 38.Köfinger J, Stelzl LS, Reuter K, Allande C, Reichel K, Hummer G. Эффективное уточнение ансамбля путем повторного взвешивания. Журнал химической теории и вычислений. 2019;15(5):3390–3401. пмид:30939006
39. 39. Боттаро С., Бенгтсен Т., Линдорф-Ларсен К. Интеграция молекулярного моделирования и экспериментальных данных: байесовский/максимально-энтропийный подход к повторному взвешиванию. В: Методы молекулярной биологии. Спрингер США; 2020. с. 219–240.
40. 40. Хейс Дж. Некоторые наблюдения по цифровому сглаживанию электроаналитических данных на основе преобразования Фурье.Аналитическая химия. 1973;45(2):277–284.
41. 41. Уорсвик С.Г., Спенсер Дж.А., Йешке Г., Купров И. Глубокая нейросетевая обработка данных DEER. Научные достижения. 2018;4(8):eaat5218. пмид:30151430
42. 42. Йешке Г., Чечик В., Ионита П., Годт А., Циммерманн Х., Банхам Дж. и др. DeerAnalysis2006 — комплексный программный пакет для анализа импульсных данных ELDOR. Прикладной магнитный резонанс. 2006;30(3-4):473–498.
43. 43. дель Аламо Д., Тессмер М.Х., Штейн Р.А., Фейкс Дж.Б., Мчаураб Х.С., Мейлер Дж.Быстрое моделирование необработанных данных распада DEER для прогнозирования белковой укладки. Биофизический журнал. 2020;118(2):366–375. пмид:31892409
44. 44. Торбеев В.Ю., Рагураман Х., Мандал К., Сенапати С., Перозо Э., Кент С.Б.Х. Динамика «лоскутных» структур в трех комплексах протеаза/ингибитор ВИЧ-1, исследованная с помощью полного химического синтеза и импульсной ЭПР-спектроскопии. J Am Chem Soc. 2009;131(3):884–885. пмид:190
45. 45. Соломон И. Релаксационные процессы в системе двух спинов.Phys Rev. 1955; 99 (2): 559.
46. 46. Блумберген Н. Времена релаксации протонов в парамагнитных растворах. J Chem Phys. 1957; 27 (2): 572–573.
47. 47. Липари Г., Сабо А. Безмодельный подход к интерпретации релаксации ядерного магнитного резонанса в макромолекулах. 1. Теория и область действия. Журнал Американского химического общества. 1982;104(17):4546–4559.
48. 48. Олейничак Э.Т., Добсон К.М., Карплюс М., Леви Р.М. Подвижное усреднение протонно-ядерных эффектов Оверхаузера в белках.Прогнозы молекулярно-динамического моделирования лизоцима. J Am Chem Soc. 1983; 106: 1923–1930.
49. 49. Брюшвайлер Р., Ру Б., Блэкледж М., Гризингер С., Карплюс М., Эрнст Р.Р. Влияние быстрого внутримолекулярного движения на скорость кросс-релаксации ЯМР. Изучение молекулярной динамики антаманида в растворе. J Am Chem Soc. 1991;114:2289–2302.
50. 50. Ивахара Дж., Швитерс К.Д., Клор Г.М. Ансамбльный подход к уточнению структуры ЯМР на основе данных об усилении парамагнитной релаксации 1H, возникающих из-за гибкой парамагнитной группы, присоединенной к макромолекуле.J Am Chem Soc. 2004;126(18):5879–5896. пмид:15125681
51. 51. Клор Г.М., Ивахара Дж. Теория, практика и применение усиления парамагнитной релаксации для характеристики переходных состояний с низкой заселенностью биологических макромолекул и их комплексов. Химические обзоры. 2009;109(9):4108–4139. пмид:19522502
52. 52. Bibow S, Ozenne V, Biernat J, Blackledge M, Mandelkow E, Zweckstetter M. Структурное влияние пролин-направленного псевдофосфорилирования эпитопов AT8, AT100 и PHF1 на 441-остаточный тау.Журнал Американского химического общества. 2011;133(40):15842–15845. пмид:21
4
53. 53. Тейлум К., Крагелунд Б.Б., Поулсен Ф.М. Формирование переходной структуры в развернутом ацил-кофермент-А-связывающем белке, наблюдаемое с помощью сайт-направленной спиновой маркировки. Дж Мол Биол. 2002;324(2):349–357. пмид:12441112
54. 54. Liu W, Liu X, Zhu G, Lu L, Yang D. Метод определения структурного ансамбля большого неупорядоченного белка: применение к механочувствительному белку. Журнал Американского химического общества.2018;140(36):11276–11285. пмид:30124042
55. 55. Gomes GNW, Krzeminski M, Namini A, Martin EW, Mittag T, Head-Gordon T, et al. Конформационные ансамбли внутренне неупорядоченного белка, согласующиеся с ЯМР, SAXS и одномолекулярным FRET. Журнал Американского химического общества. 2020;142(37):15697–15710. пмид:32840111
56. 56. Хан С.Н., Шарлье С., Августыняк Р., Сальви Н., Дежан В., Боденхаузен Г. и др. Распределение пико- и наносекундных движений в неупорядоченных белках в результате релаксации ядерного спина.Биофизический журнал. 2015;109(5):988–999. пмид:26331256
57. 57. Резаи-Галех Н., Париги Г., Цвекштеттер М. Реориентационная динамика амилоида- β на основе спиновой релаксации ЯМР и молекулярного моделирования. Журнал писем по физической химии. 2019;10(12):3369–3375. пмид:31181936
58. 58. Камиллони С., Кавалли А., Вендрусколо М. Метадинамика, усредненная репликой. J Chem Theory Comput. 2013;9(12):5610–5617. пмид:26592295
59. 59. Бусси Г., Донадио Д., Парринелло М.Канонический семплинг через масштабирование скорости. J Chem Phys. 2007 г.; пмид:17212484
60. 60. Ryan VH, Dignon GL, Zerze GH, Chabata CV, Silva R, Conicella AE, et al. Механистический взгляд на структуру домена низкой сложности hnRNPA2, взаимодействия и разделение фаз, измененные мутацией и метилированием аргинина. Молекулярная клетка. 2018;69(3):465–479.e7. пмид:29358076
61. 61. Battiste JL, Wagner G. Использование сайт-направленной спиновой маркировки и гетероядерного ядерного магнитного резонанса высокого разрешения для определения глобальной складки больших белков с ограниченными данными о ядерном эффекте Оверхаузера.Биохимия. 2000;39(18):5355–5365. пмид:10820006
62. 62. Гауэрс Р., Линке М., Барно Дж., Редди Т., Мело М., Сейлер С. и др. MDAnalysis: пакет Python для быстрого анализа моделирования молекулярной динамики. В: Материалы 15-й конференции Python в науке. наука; 2016. с. 98–105. Доступно по адресу: https://doi.org/10.25080/majora-629e541a-00e.
63. 63. Коль Н.Е., Эмини Э.А., Шлейф В.А., Дэвис Л.Дж., Хеймбах Дж.К., Диксон Р.А. и соавт. Активная протеаза вируса иммунодефицита человека необходима для вирусной инфекционности.Proc Natl Acad Sci U S A. 1988;85(13):4686–4690. пмид:32
64. 64. Блэкберн М.Э., Велоро А.М., Фануччи Г.Э. Мониторинг индуцированных ингибитором конформационных популяционных сдвигов в протеазе ВИЧ-1 с помощью импульсной ЭПР-спектроскопии. Биохимия. 2009;48(37):8765–8767. пмид:196

65. 65. Рош Дж., Луи Дж. М., Бакс А. Конформация не содержащей ингибиторов протеазы ВИЧ-1, полученная с помощью ЯМР-спектроскопии, в слабоориентированном растворе. ХимБиоХим. 2015;16(2):214–218. пмид:25470009
66. 66.Роше Дж., Луис Дж.М., Бакс А., Бест РБ. Индуцированный давлением структурный переход зрелой протеазы ВИЧ-1 на основе комбинированного подхода к моделированию ЯМР/МД. Белки. 2015;83(12):2117–2123. пмид:26385843
67. 67. Hornak V, Okur A, Rizzo RC, Simmerling C. Створки протеазы ВИЧ-1 спонтанно приближаются к правильной структуре в моделировании после ручного помещения ингибитора в открытое состояние. J Am Chem Soc. 2006;128(9):2812–2813. пмид:16506755
68. 68. Хуанг Х, Бритто, М.Д., Кир-Скотт Дж.Л., Бун К.Д., Рокка Дж.Р., Симмерлинг С. и др.Роль избранных полиморфизмов подтипов в конформационном отборе проб и динамике протеазы ВИЧ-1. Дж. Биол. Хим. 2014;289(24):17203–17214. пмид: 24742668
69. 69. Liu Z, Casey TM, Blackburn ME, Huang X, Pham L, de Vera IMS и др. Импульсная ЭПР-характеристика выборки конформации протеазы ВИЧ-1 и сдвигов популяции, вызванных ингибитором. Физическая химия Химическая физика. 2016;18(8):5819–5831. пмид:26489725
70. 70. Сайер Дж. М., Лю Ф., Ишима Р., Вебер ИТ, Луи Дж. М.Влияние мутации активного сайта D25N на структуру, стабильность и связывание лиганда зрелой протеазы ВИЧ-1. Журнал биологической химии. 2008;283(19):13459–13470. пмид:18281688
71. 71. Munshi S, Chen Z, Li Y, Olsen DB, Fraley ME, Hungate RW, et al. Экспресс-рентгеноструктурный анализ комплексов протеазы ВИЧ-1 с ингибитором: обмен ингибитора в монокристаллах связанного фермента. Acta Crystallographica Раздел D Биологическая кристаллография. 1998;54(5):1053–1060.пмид:9757136
72. 72. Spinelli S, Liu QZ, Alzari PM, Hirel PH, Poljak RJ. Трехмерная структура аспартилпротеазы из изолята ВИЧ-1 BRU. Биохимия. 1991;73(11):1391—1396. пмид:1799632
73. 73. Martin P, Vickrey JF, Proteasa G, Jimenez YL, Wawrzak Z, Winters MA, et al. «Широко открытая» 1,3 Å структура протеазы ВИЧ-1 с множественной лекарственной устойчивостью в качестве мишени для лекарственного средства. Структура. 2005; 13 (12): 1887–1895. пмид:16338417
74. 74. Logsdon BC, Vickrey JF, Martin P, Proteasa G, Koepke JI, Terlecky SR, et al.Кристаллические структуры протеазы мультирезистентного вируса иммунодефицита человека типа 1 обнаруживают расширенную полость активного центра. Журнал вирусологии. 2004;78(6):3123–3132. пмид:149
75. 75. Камиллони С., Вендрусколо М. Бестензорный метод структурного и динамического уточнения белков с использованием остаточных диполярных связей. J Phys Chem B. 2015;119(3):653–661. пмид:24824082
76. 76. Heaslet H, Rosenfeld R, Giffin M, Lin YC, Tam K, Torbett BE, et al.Конформационная гибкость лоскутных доменов безлигандной протеазы ВИЧ. Acta Crystallographica Раздел D Биологическая кристаллография. 2007;63(8):866–875. пмид:17642513
77. 77. Хуанг Х, Бритто, М.Д., Кир-Скотт Дж.Л., Бун К.Д., Рокка Дж.Р., Симмерлинг С. и др. Роль избранных полиморфизмов подтипов в конформационном отборе проб и динамике протеазы ВИЧ-1. Журнал биологической химии. 2014;289(24):17203–17214. пмид:24742668
78. 78. Эрикссон А.Е., Баасе В.А., Возняк Дж.А., Мэтьюз Б.В.Мутант лизоцима Т4, содержащий полость, стабилизируется скрытым бензолом. Природа. 1992;355(6358):371–373. пмид:1731252
79. 79. Kato H, Vu ND, Feng H, Zhou Z, Bai Y. Путь сворачивания лизоцима T4: скрытый промежуточный продукт сворачивания на пути. Дж Мол Биол. 2007;365(3):881–891. пмид:17097105
80. 80. Ван Ю, Папалео Э., Линдорф-Ларсен К. Картирование временно сформированных и малонаселенных конформаций на сложном энергетическом ландшафте. электронная жизнь. 2016;5. пмид:27552057
81. 81.Малдер Ф.А., Хон Б., Мухандирам Д.Р., Далквист Ф.В., Кей Л.Е. Гибкость и лигандный обмен у мутанта лизоцима Т4 со скрытой полостью изучены с помощью многоядерного ЯМР. Биохимия. 2000;39(41):12614–12622. пмид:11027141
82. 82. Bouvignies G, Vallurupalli P, Hansen DF, Correia BE, Lange O, Bah A, et al. Структура раствора минорного и временно сформированного состояния мутанта лизоцима Т4. Природа. 2011;477(7362):111–114. пмид:21857680
83. 83. Лерх М.Т., Лопес С.Дж., Ян З., Крейтман М.Дж., Хорвиц Дж., Хаббелл В.Л.Структурно-релаксационный механизм ответа полых мутантов лизоцима Т4 на гидростатическое давление. Proc Natl Acad Sci U S A. 2015;112(19):E2437–46. пмид:25

    0

84. 84. Эрикссон А.Э., Баасе В.А., Чжан XJ, Хайнц Д.В., Блабер М., Болдуин Э.П. и соавт. Реакция белковой структуры на кавернозные мутации и ее связь с гидрофобным эффектом. Наука. 1992;255(5041):178–183. пмид:1553543
85. 85. Трибелло Г.А., Бономи М., Брандуарди Д., Камиллони С., Бусси Г.ПЕР. 2: Новые перья для старой птицы. Коммуникации по компьютерной физике. 2014;185(2):604–613.

Исследования — Главный вид | Исследования | Beta Beta Beta Biology Honorary

1.Name: Tori Servatius

Major (включая любые концентрации): Biology/Pre-Med, Studio Art

Текущий статус класса (ex. Senior): Junior

Карьерные устремления (напр. аспирантура, медицинская школа, исследователь, другая специальность): Медицинская школа

Опыт исследований (напр.количество семестров, месяцев или лет): 0

Статус класса, когда вы впервые подали заявку/думали об исследовании (только годы обучения в колледже): Junior

Место(я), где вы проводили исследования (например, GCC или ___ университет и т. д.): GCC Fall 2009

Область исследований (например, Dev Bio, Molec Bio, экология, медицина и т. д.): Водные виды спорта/экология

Что вы изучали? (например, нервные пути у мышей и т. д.): Качество воды

Это были летние исследования или исследования во время занятий в GCC?: Во время занятий

Имя профессора(ов), под которым вы работали: Др.Brenner

2. Название: Emily Kobin

Майор (включая любые концентрации): Молекулярная биология, Pre-Med

Статус текущего класса (Ex. Старший): Junior

карьерные стремления ( например, аспирантура, медицинская школа, исследователь, другая специальность):  медицинская школа

Опыт исследований (например, количество семестров, месяцев или лет):  2 семестра (первый и второй младший год)

Статус класса, когда вы впервые подали заявку/подумали об исследовании (только годы обучения в колледже):  весна семестр второкурсника

Место(а), где вы проводили исследования (напр.GCC или ___ Университет и т. д.):  GCC

Область исследований (например, Dev Bio, Molec Bio, экология, медицина и т. д.):  Разработка и молекулярная биология

Что вы изучали? (например, нейронные пути у мышей и т. д.): Экспрессия wnt4a у рыбок данио 15-18hpf с использованием различных методов визуализации и молекулярной биологии

Было ли это приятным опытом?:   ОПРЕДЕЛЕННО!!

Какой тип студентов-биологов найдет этот тип исследования интересным?:  Любой, кто интересуется этой областью и заинтересован в том, чтобы увидеть методы, обсуждаемые в курсе «Клетки/молекулы», в действии.

Количество часов и раз в неделю, обычно затрачиваемых на исследования: диапазон от 2 до 8

Это были летние исследования или исследования во время занятий в GCC?:  Исследования в течение учебного года в GCC

Имя профессора (s) вы работали: Доктор Гриббл

Кратко объясните, чего вы достигли: Поскольку это была новая программа, мы сосредоточились на выращивании линий, доступных для лаборатории, и производстве трансгенных растений.Хотя мы не смогли сделать много изображений, надеемся, что к концу года у нас будет рабочий зонд для wnt4a и dbx1a, чтобы мы могли делать это на месте в будущем

Расскажите о типичном дне исследования: Как правило, это включало в себя некоторую работу по хозяйству, сопровождаемую этапом в той части исследовательского процесса, которую мы выполняли. Обычно это включало подготовку раствора и некоторую форму обучения технике или оборудованию, которое мы будем использовать.

Самое лучшее в вашем исследовательском опыте:  Способность видеть и выполнять навыки и процедуры, о которых я только что узнал в классе не получится, и нам придется начинать все сначала.

Планируете ли вы работать над подобным проектом в будущем?:  Вероятно, нет… будут наложены ограничения на объем исследований, которые д-р Гриббл возьмет на себя в будущем. Она может принять решение не продолжать мой исследовательский проект.

Вы представили свое исследование (например, статью, постер, выступление и т. д.)?:   нет  

Порекомендовали бы вы этот опыт студенту с такими же карьерными устремлениями, как и у вас?:  Да. Я думаю, что все premed студенты должны испытать лабораторию.Это иная атмосфера, чем в больнице или кабинете врача, но любопытство, решение проблем и открытие — важный урок, который нужно усвоить, независимо от того, что вы планируете делать в будущем.

 

3. Имя: Шон Келлнер

Основная специальность (включая любые концентрации): Основная биология (незначительная психология)

Текущий статус класса (например, Senior): Careersex Junior Аспирантура, медицинская школа, исследователь, другая специальность): PhD в области клеточной и молекулярной биологии

Опыт научных исследований (напр.# семестров, месяцев или лет): Два семестра, последний (текущий) семестр предназначен для зачетных единиц

Статус класса, когда вы впервые подали заявку/думали об исследовании (только годы обучения в колледже): Младший

Место(я) где вы проводили исследования (например, GCC или ___ университет и т. д.): GCC

Область исследований (например, Dev Bio, Molec Bio, экология, медицина и т. д.): Генетика

Что вы изучали? (например, нервные пути у мышей и т. д.).): митохондриальный геном Apis mellifera, секвенирование d-петли, а также субъединицы цитохромоксидазы

Было ли это приятным опытом?: Да

Какой тип студента-биолога найдет этот тип исследования интересным?: Любой

Часов и раз в неделю, которые обычно тратятся на исследования: 3 часа или около того, приходят один или два раза в неделю

Это были летние исследования или исследования во время занятий в GCC?: во время занятий

Имя профессора(ов), под которым вы работали: Dr.Дженкинс, доктор Рэй

Кратко объясните, чего вы достигли: усовершенствовал мои методы, навыки устранения неполадок, и собираюсь очистить и секвенировать продукт ПЦР субъединицы цитохромоксидазы

Расскажите об обычном дне исследования: I прийти и встретиться с доктором Дженкинсом, чтобы обсудить план на день/неделю, получить его в лаборатории, возможно, получить консультацию доктора Рэя по методам или интерпретации результатов

Лучшее в вашем исследовательском опыте: Изучение процесса , работая с замечательными профессорами, видя эти положительные результаты!

Худшее в вашем исследовательском опыте: натыкаться на камни преткновения или задержки

Планируете ли вы работать над аналогичным проектом позже?: Да

Вы представили свое исследование (напр.Бумага, плакат, выступление и т. д.)?: Еще нет

Порекомендовали бы вы этот опыт студенту с такими же карьерными устремлениями, как и у вас?: Да

 

4. Имя: Майкл Борц

Специальность (включая любые концентрации): Молекулярная биология со второстепенным религиоведением

Текущий статус класса (например, старший): Младший

Карьерные устремления (например, аспирантура, медицинская школа, исследователь, другая специальность): мед. школа

Исследовательский опыт (напр.количество семестров, месяцев или лет): официально нет – просто много искали

Статус класса, когда вы впервые подали заявку/думали об исследовании (только годы обучения в колледже): год второго курса

Место(я), где вы проводили исследования (например, GCC или ___ University и т. д.): Case Western Reserve University

Это были летние исследования или исследования во время занятий в GCC?: летние исследования

 

5. Имя: Кирстен Бауэр

5

4 Специальность (включая любые концентрации):

специальность биология, дополнительная психология

Текущий статус класса (напр.Старший): старший

Карьерные устремления (например, аспирантура, медицинский институт, исследователь, другая специальность): школа медсестер

Исследовательский опыт (например, количество семестров, месяцев или лет): пока нет

6. Имя: Оливер Вагнер

Специальность (включая любые концентрации): Биология/Психология, двойная специальность с концентрацией Pre-Med

Текущий класс (например, Senior): Senior

Стремление к карьере (бывший.Аспирантура, медицинская школа, исследователь, другая специальность): Медицинская школа

Опыт исследований (например, количество семестров, месяцев или лет): Два лета

Статус класса, когда вы впервые подали заявку на участие в исследовании (только годы обучения в колледже) : Год первокурсника (колледж)

Место(я), где вы проводили исследования (например, GCC или ___ университет…): Медицинский центр Hershey

Область исследований (например, Dev bio, molec bio, экология, медицина , так далее.): Молекулярное клонирование, исследование рака

Что вы изучали? (например, нервные пути у мышей и т. д.): Я изучал эффекты регуляции нового гена HtrA1 и его роль в качестве возможного супрессора опухолей

Было ли это приятным опытом?: Это было очень приятное лето, другие сотрудники лаборатории были очень любезны и дружелюбны, и я многое узнал об исследованиях в течение двух лет

Какой тип студента-биолога найдет этот тип исследования интересным?: Я думаю, что любой студент, изучающий молекулярную биологию, был бы заинтересован в такого рода исследованиях использовались многие методы, о которых мы говорили в Cell Molec

Часы и время в неделю, обычно затрачиваемые на исследования: Я проводил около 40 часов в неделю в лаборатории

Имя профессора(ов) ) вы работали под: я работал под Dr.Гэри Клоусон

Кратко объясните, что вы сделали: За два лета я вырезал нужный ген и очистил его от плазмиды, вставил в вектор экспрессии и инициировал производство белка в E.coli. Я также выполнял множество других мелких задач для других исследователей.

Дайте представление о типичном дне исследования: Мой типичный день исследования состоял из мытья стеклянной посуды/обновления баз данных утром для лаборатории, а затем запуска некоторых процедур на некоторое время (прививка культуры, настройка гель для запуска, инкубация ДНК с рестрикционными ферментами) и хорошо провели время за обедом.Затем я заканчивал любую

дополнительную работу, которую мне нужно было сделать во второй половине дня, и устанавливал все, что нужно было оставить на ночь. Обычно я работал на скамейке всего около 3 часов в любой день, а остальное время тратил на наблюдение за другими исследователями, чтение материалов для моего проекта или выполнение других мелких задач.

Самое лучшее в вашем исследовательском опыте: Самое лучшее в моих исследованиях — это опыт, который я приобрел, теперь я знаю, как делать многие вещи, которых раньше не знал, и я намного лучше понимаю основы молекулярной биологии.Это также дало мне уверенность в самостоятельном мышлении и решении сложных проблем.

Самое худшее в вашем исследовательском опыте: Хуже всего в этом опыте были повторяющиеся сбои, очень неприятно запускать что-то очень сложное правильно только для того, чтобы оно не работало по какой-то неизвестной причине. Однако это большая часть исследований, и с этим вам нужно иметь дело, если вы хотите стать исследователем.

Планируете ли вы работать над тем же проектом позже?: Я не буду продолжать работу над своим проектом в будущем, насколько я могу судить

Вы представили свое исследование (напр.Бумага, постер, выступление и т. д.)?: Я не продвинулся достаточно далеко, чтобы представить свое исследование, но эта возможность для меня была открыта           

Порекомендовали бы вы этот опыт студенту со схожими карьерными устремлениями?: Я бы очень хотел рекомендую этот тип опыта, он отлично смотрится в резюме и может дать вам более четкое представление о ваших стремлениях в области биологии

 

Биология

Текущий статус класса (напр.Старший): Старший

Карьерные устремления (например, аспирантура, медицинская школа, исследователь, другая специальность): Что-то клиническое .

Исследовательский опыт (например, количество семестров, месяцев или лет): 2 семестра

Статус класса, когда вы впервые подали заявку/думали об исследовании (только годы обучения в колледже): Junior

Место(я), где вы занимались исследования (например, GCC или ___ университет и т. д.): GCC

Область исследований (например,Dev bio, molec bio, экология, медицина и т.д.): Медицина

Что вы изучали? (например, нервные пути у мышей и т. д.): Влияние китайской травы Матрин на раковые и нормальные клетки мыши.

Было ли это приятно?: Да .

Какой тип студентов-биологов найдет этот тип исследования интересным?: Студент-биолог, интересующийся альтернативной медициной

Часы и время в неделю, обычно затрачиваемые на исследования: 3 часа в неделю за 1 кредит.

Это были летние исследования или исследования во время занятий в GCC?:   Класс GCC

Имя профессора(ов), под которым вы работали: Доктор Рэй

Кратко объясните, чего вы достигли: Я пытался определить, какая концентрация будет достаточно мощной, чтобы убить раковые клетки, но не вредной для нормальных клеток.

Дайте представление о типичном дне исследования: После введения клеток в Матрин следующие дни тратятся на получение изображений клеток и их подсчет для построения диаграмм роста.

Самое лучшее в вашем исследовательском опыте: Наблюдение за развитием науки на кончиках ваших пальцев.

Худшее в вашем исследовательском опыте: Вы во власти клеток и их роста.

Планируете ли вы работать над подобным проектом позже?: Я, вероятно, не смогу продолжать после выпуска.

Вы представили свое исследование (например, статья, постер, речь и т.д.)?: Я буду участвовать в конкурсе Яницкого.

Вы бы порекомендовали этот опыт студенту с такими же карьерными устремлениями, как и вы?:

Я бы рекомендовал этот тип исследования всем, потому что он дает вам всестороннее представление о науке. Медицина основана на экспериментах такого типа, и врачи, с которыми я разговаривал, практикуют медицину, а также контролируют лабораторию для проведения собственных исследований. Это аспект науки, который прекрасно сочетается с любым направлением в области здравоохранения.

 

8.Имя:  Christina Genareo

Специальность (включая любые концентрации):  Биология

Текущий статус класса (например, Senior):  Junior

Карьерные устремления (например, аспирантура, медицинская школа, исследователь, другая специальность) :  Ветеринария

Опыт исследований (например, количество семестров, месяцев или лет):  Двухчасовое наблюдение за исследованиями и помощь в написании результатов исследований, касающихся использования в течение примерно трех семестров

Статус класса на момент подачи заявки/ мысли об исследованиях (только годы обучения в колледже):  Я был второкурсником, когда одновременно наблюдал за исследованиями и начал помогать писать исследовательские работы с обзорами литературы.

Место(я), где вы проводили исследования (например, GCC или ___ университет и т. д.): Grove City College

Область исследований (например, Dev Bio, Molec Bio, экология, медицина и т. д.):  Экология

Что вы изучали? (например, нервные пути у мышей и т. д.):  Я был свидетелем того, как студент-исследователь изучал ДНК оленей, чтобы отслеживать движение популяции и модели размножения. Я помогал писать об использовании птичьей ДНК для отслеживания миграции птиц и борьбы с распространением птичьего гриппа.

Было ли это приятно?:  Да. Я надеюсь принять участие в других исследованиях в будущем.

Какой тип студентов-биологов найдет этот тип исследования интересным?:  Студенты, которым удобно следовать процедурам и использовать лабораторные инструменты, вероятно, преуспеют в выполнении реальных исследований. Студентам, которым нравится обобщать результаты, чтобы предложить решение, скорее всего, понравится писать экологические обзоры. Однако для написания статей студент также должен попытаться понять методы исследования и понять концепции генетики.

Часы и время в неделю, обычно затрачиваемые на исследования: Н/Д

Это были летние исследования или исследования во время занятий в GCC?:  Исследования во время занятий в GCC

Имя профессора(ов), которым вы занимаетесь работал под:  Доктор Бреннер

Кратко объясните, чего вы достигли:  Я помог опубликовать статью об использовании ДНК для отслеживания миграции птиц.

Расскажите об обычном дне исследования: Н/Д

Лучшее в вашем исследовательском опыте:  Время, которое я провел, наблюдая за исследованиями, действительно помогло мне лучше понять методы исследования.

Худшее в вашем исследовательском опыте:  Я ужасно пользовался пипетками!

Планируете ли вы работать над аналогичным проектом позже?:  Я надеюсь записаться на исследование на осенний семестр 2009 года

Вы представили свое исследование (например, доклад, постер, речь и т. д.) )?:  Я никогда не писал об исследованиях, которые провел сам; тем не менее, мне дали возможность написать об исследовании, проведенном другими.

Порекомендовали бы вы этот опыт учащемуся с такими же карьерными устремлениями, как и у вас?:  Да; Я очень благодарен за возможность узнать о методах исследования и попытаться обобщить результаты исследования.

9. Название: Michelle Peck

Майор (в том числе любые концентрации): Молекулярная биология

Состояние текущего класса (EX. Старший): Junior

Карьера (EX. медицинская школа, исследователь, другая специальность): Аспирантура – ​​возможно, судебная медицина, молекулярная биология

Опыт исследований (например, количество семестров, месяцев или лет): 2 семестра

Статус класса, когда вы впервые подали заявку/думали об исследованиях (только годы обучения в колледже): второкурсник

Место(я), где вы проводили исследования (напр.GCC или ___ Университет и т. д.): GCC

Область исследований (например, Dev Bio, Molec Bio, экология, медицина и т. д.): молекулярная биология – исследование рака; ДНК-дактилоскопия

Что вы изучали? (например, нервные пути у мышей и т. д.): рост 90 057 раковых клеток; противораковая способность матрина; ДНК-дактилоскопия оленя

Было ли это приятным опытом?: да, это отличный способ начать из первых рук увидеть актуальное применение того, что вы изучаете в классе.Это также отличный опыт для того, чтобы привыкнуть к работе с биологическими методами, помимо использования в лабораториях для занятий.

Какой тип студента-биолога найдет этот тип исследования интересным?: Студент, которому нравится работать в лаборатории и который иногда готов выполнять утомительную работу. Кроме того, студент, который любит решать проблемы.

Часы и время в неделю, обычно затрачиваемые на исследования: 3 часа в неделю

Это были летние исследования или исследования во время занятий в GCC?: исследования во время занятий

Имя профессора(ов), с которыми вы работали под: Dr.Рэй

Кратко объясните, что вы сделали: Мне удалось вырастить много раковых клеток, которые будут использоваться для будущих экспериментов. Мы определили, что матрин действительно оказывает ингибирующее действие на рост клеток НА Т2, и при самой высокой концентрации было очевидно, что все клетки были задержаны в одной и той же фазе клеточного цикла. В настоящее время мы изучаем различные праймеры для идентификации аллелей оленей, которые будут использоваться для идентификации оленей.   

Расскажите об обычном исследовательском дне:  Обычно вы проводите в лаборатории 2 или 3 часа в зависимости от того, чем занимаетесь. Вы проверите все образцы, с которыми работали в прошлый раз, когда были в лаборатории. Я советовался с доктором Рэем о том, где мы находимся и что нужно сделать в этот день. Затем я сидел на лабораторном столе либо собирал клетки, либо выполнял какую-то процедуру, например гель-электрофорез. Несколько дней ушло на анализ данных или подсчет клеток.

Самое лучшее в вашем исследовательском опыте:  Наблюдение за тем, как все различные биологические процедуры работают вместе при исследовании определенной области.  

Худшее в вашем исследовательском опыте:  Утомительно. Часто вы будете делать одну и ту же процедуру снова и снова. Кроме того, иногда сложно уловить всю картину.

Планируете ли вы работать над аналогичным проектом позже?: Да, я планирую провести исследование в следующем году, продолжив исследования по снятию отпечатков пальцев оленей

Вы представили свое исследование (напр.Бумага, плакат, выступление и т. д.)?:  №

Порекомендовали бы вы этот опыт учащемуся с такими же карьерными устремлениями, как и у вас? Высоко!

10. Название: Richard Toth

Майор (включая любые концентрации): Molec Bio, Pre-Med

Статус текущего класса (EX. Старший): Junior

Карьера (напр. аспирантура, медицинская школа, исследователь, другая специальность): медицинская школа

Опыт исследований (напр.количество семестров или лет): 2 семестра

Статус класса на момент подачи заявки на исследование (только годы обучения в колледже): конец второго года обучения

Место(я), где вы проводили исследования (например, GCC или ___ университет… ): GCC

Область исследований (например, Dev Bio, Molec Bio, экология, медицина и т. д.): клеточная/молекулярная биология

Что вы изучали? (например, нейронные пути у мышей и т. д.): криминалистический метод однозначной идентификации белохвостого оленя на основе образцов ядерной ДНК.

Было ли это приятно?:  Да, в нем используются базовые методы, такие как ПЦР, гель-электрофорез и флуоресцентное мечение, и они расширяются для создания уникальной процедуры, помогающей в судебно-медицинской экспертизе ДНК-отпечатков пальцев.

Какой тип студентов-биологов найдет этот тип исследования интересным?:  Molec bio или gen. био студент

Часы и время в неделю, обычно затрачиваемые на исследования: 3 часа в неделю, обычно от 2 до 5, как запланированы обычные лабораторные работы.

Летние исследования или исследования во время пребывания в GCC: во время пребывания в GCC

Имя профессора (профессоров), под которым вы работали: Доктор Рэй

Кратко объясните, что вы сделали: Тандемные повторяющиеся последовательности белохвостого оленя. Работа над завершением пошагового метода, в котором используется мультиплексный набор для идентификации оленей с использованием образцов ДНК, что аналогично тому, что ФБР использует в наборах ДНК человека.

Дайте представление о типичном дне исследования:  Обычно я иду в лабораторию и делаю один шаг в общей процедуре, анализирую любые данные, записываю их и процедуру в лабораторный журнал и выясняю, что делать дальше неделю.

Лучшее в вашем исследовательском опыте:  Работать над студенческим проектом приятно. Это помогает вам стать более независимым в лаборатории, и у вас есть некоторая свобода выбора следующего эксперимента. Конечно, если ваше исследование вообще продвинется, у вас есть возможность представить его в виде выступления, постера или научной статьи.

Худшее, что может быть в вашем исследовательском опыте:  Всякий раз, когда эксперимент не дает ожидаемого результата.Затем вам нужно вернуться и выяснить, сделали ли вы что-то не так или нужно изменить шаг в процедуре.

Планируете ли вы работать над тем же проектом позже?:  Я планирую продолжить его в качестве старшего специалиста

Вы представили свое исследование (например, статью, постер, речь и т. д.)?:  Речь и стендовые доклады.

Вы бы порекомендовали этот опыт учащемуся с похожими карьерными устремлениями?:  Да, исследование – определенно хорошая идея для учащегося, который хочет поступить в медицинский вуз.Исследования — это отличный опыт, который дает вам удивительные возможности, с которыми вы, возможно, не столкнулись бы иначе. Я бы также порекомендовал исследование любому студенту, стремящемуся получить любую другую профессию в области здравоохранения или аспирантуру.

 

 

 

Еще один хороший признак: следы коронавируса в сточных водах MWRA снова уменьшаются .

Вода проверяется на наличие SARS COV 2 копии на миллилитр в рамках пилотного проекта, который призван служить системой раннего предупреждения о будущих вспышках пандемии.

Среднее за семь дней количество следов вируса в сточных водах снижалось в течение семи из последних восьми дней в южной части системы MWRA. В северной части системы, в которую входит Бостон, уровни падали девять дней подряд. Данные отражают тесты, проведенные совсем недавно, в прошлый четверг.

Однако уровень еще не упал до уровня прошлого лета.

Количество обнаруженных вирусов резко возросло во время второго всплеска заболеваемости в штате в начале этого года, а затем резко упало. Уровни немного подскочили в начале марта, что добавило неопределенности по поводу того, увидит ли штат третий всплеск.

Базирующаяся в Кембридже компания Biobot Analytics, которая проводит тестирование, сообщает, что обнаружила, что количество вируса в сточных водах коррелирует с вновь диагностированными случаями коронавируса через четыре-десять дней.

Биобот говорит, что его тесты обнаруживают коронавирус, независимо от его варианта. Но он также разработал способность специально обнаруживать вариант B.1.1.7 из Соединенного Королевства, и он постоянно обнаруживался в сточных водах с момента начала его тестирования.

Тем временем д-р Ашиш Джа, декан Школы общественного здравоохранения Брауновского университета, в понедельник предсказал «хорошее лето» впереди из-за темпов кампании вакцинации в США.

Он отметил в потоке твитов, что количество случаев заболевания в США падает, и сказал: «На этот раз, я думаю, это останется. Почему? Вакцина!»

«Хотя некоторые штаты все еще могут испытывать трудности, мы должны быть на правильном пути», — сказал он.

Он сказал, что вакцин «сейчас в изобилии», но, как и ожидалось, количество прививок начало снижаться.

Он сказал, что доступ «все еще остается проблемой для многих», в то время как другие «не уверены».

«Нам нужно лучше решать их проблемы. Но по мере того, как мы будем продвигаться вперед, заболеваемость будет снижаться», — сказал он. «И это должно привести к хорошему лету».

В настоящее время вакцин в изобилии, но количество прививок начало снижаться

Это ожидается

Доступ по-прежнему затруднен для многих

И другие не уверены.Нам нужно лучше решать их проблемы

Но по мере того, как мы будем продвигаться вперед, количество инфекций будет снижаться еще больше

И это должно привести к хорошему лету

Фин

— Ашиш К. Джа, доктор медицинских наук, магистр здравоохранения (@ashishkjha) 26 апреля 2021 г.

Райан Хаддл, сотрудники Globe, внесли свой вклад в этот отчет.

---

С Мартином Финукейном можно связаться по адресу [email protected]

миль колючей проволоки снято, чтобы спасти дикую природу Аризоны

ТУСОН, Аризона (KOLD News 13) — На этой неделе государственные учреждения и волонтеры работают вместе, чтобы убрать несколько миль опасного ограждения из колючей проволоки в западной долине Тусона.

«Некоторым животным, таким как олени, большие рогатые овцы, горные львы, приходится преодолевать большие расстояния, чтобы получить ресурсы, необходимые им для выживания, процветания, взаимодействия с другими представителями своего вида, чтобы мы могли сохранить эти генофонды в хорошем состоянии. и здоровыми для будущих поколений», — сказал Скотт Спрэг из Департамента охоты и рыболовства штата Аризона.

Акры и акры заброшенных ограждений из колючей проволоки мешают животным процветать. Когда-то забор использовался для защиты домашнего скота, но теперь, когда скота нет, проводка представляет опасность для местной дикой природы.Это не только удерживает их от еды и воды, но и, если животное поймают, потенциально может убить их.

«Он тоже не обслуживался. Таким образом, если провода ослаблены, на самом деле существует больший риск для животных запутаться в них, когда они не натянуты должным образом», — говорит Спраг.

Это новое партнерство между государственными учреждениями и природоохранными организациями назревало давно. Исполнительный директор Коалиции по защите пустыни Сонора Кэролин Кэмпбелл говорит, что она хотела заняться этим проектом в течение многих лет после того, как город Тусон захватил землю.Она говорит, что в этом районе часто бывает много диких животных.

«У нас есть разные горные хребты и разные охраняемые территории, и им нужно место для передвижения, поэтому им нужно проходить через эти районы», — сказала она.

Она в восторге от того, что проект наконец воплотился в жизнь. Тусонцы, а также снежные птицы и туристы пришли в полную силу, чтобы протянуть руку помощи.

«Очень приятно осознавать, что так много людей могут собраться вместе. Ни одна из наших организаций не может сделать это самостоятельно.Это просто непреодолимая проблема», — сказала она.

Работа еще не сделана. Кэмпбелл говорит, что в ближайшем будущем они надеются организовать еще один проект по удалению еще большего количества брошенных проводов.

Если вы хотите стать волонтером для следующего проекта, вы можете найти подробности здесь .

Copyright 2022 KOLD News 13. Все права защищены.

Белый мудрец Черный рынок

Эта статья опубликована в выпуске журнала VICE Magazine «Алгоритмы», в котором исследуются правила, управляющие нашим обществом, и что происходит, когда они нарушаются.

Однажды вечером несколько лет назад, когда солнце садилось над Южной Калифорнией, Марша Валенсия и ее муж вернулись с прогулки в заповеднике недалеко от их дома. Время закрытия уже истекло, и смотритель парка в форме запирал ворота. Они побежали его ловить, ожидая билета, — помимо того, что опоздали, они привезли свою собаку, против правил. Рейнджер дружелюбно отругал их и заставил пообещать  исправиться лучше; затем, к их удивлению, он позволил им проехать.

Валенсия, которая идентифицирует себя как коренная американка, затем спросила, может ли она собрать дикий шалфей рядом с парковкой. Настроение рейнджера изменилось. Он резко отказался. Валенсия объяснила, что ей просто нужно несколько листьев для церемоний; растения практически не пострадают. «Если ты что-нибудь выберешь, — сказал ей рейнджер, — я тебя арестую».

Недавно Валенсия рассказала мне, как это ее разозлило. «Этот белый мужчина говорит мне, что собирается арестовать меня», — сказала она. «Я такой: «Простите? Как женщина из числа коренного населения?». Валенсия, 50-летняя женщина с веснушками на щеках и седеющими волосами, медитирует и сидит в женском кругу; ее вибрация в изобилии «присутствует».Почти во всех отношениях она непохожа на рейнджера Рона Гудмана, который любит пиво, грубые шутки и поддержание порядка. Он также любит футбол, хотя не смотрел ни одной игры с тех пор, как игроки начали ставить колено.

Они начали говорить. Валенсия объяснила, что белый шалфей, трава, произрастающая в Южной Калифорнии, занимает центральное место в ее духовной практике и используется местными племенами на протяжении тысячелетий. Она рассказала, как трудно стало собирать в дикой природе — как во многих местах полностью исчезли целые участки.Гудман ответил, что он все об этом знает; вот почему он был так суров с ней. Почти ежедневно в заповеднике были браконьеры, добывавшие за раз сотни фунтов.

Белый шалфей стал одним из основных продуктов эры здорового образа жизни, продается в Walmart и Amazon и отправляется по всему миру. Высушенные листья растения сжигают для ритуалов, известных как «окуривание», которые были заимствованы у коренных американцев в культурном мейнстриме. Хэштеги #WhiteSage и #Smudging появляются в Instagram сотни тысяч раз.До недавнего времени Goop называл свой информационный бюллетень «мудрецом входящих сообщений для цифровой эпохи». Связки сушеного шалфея, или «жезлы», повсеместно распространены в студиях йоги и магазинах, а также на концертах, в конференц-залах и даже в церквях. Протестующие в Соединенных Штатах сожгли шалфей на недавних маршах Black Lives Matter; в английских городах проводились «прогулки мудрецов» для защиты от коронавируса. Растение приобрело новый резонанс в эпоху потрясений, широко став символом очищения и спокойствия. В Японии спрос на его предполагаемые очищающие свойства резко вырос после ядерной катастрофы на Фукусиме.

Тем не менее, цепочка поставок этого глобального продукта почти полностью не регулируется, что приводит к сокращению количества белого шалфея в дикой природе и затрудняет для коренных пользователей сбор урожая растения, которое они считают священным. Этот вид встречается в природе на равнинах и в горах Южной Калифорнии, за границей в некоторых частях Северной Мексики и больше нигде на земле. Почти весь белый шалфей, продаваемый на коммерческой основе, «выращен в дикой природе» или собран в природе, часто браконьерами, которые зарабатывают «центы на долларе», как сказал мне Гудман.Этот мудрец проходит через ряд посредников и оптовиков, прежде чем попасть на рынок — обычно от компаний, которые позиционируют себя как экологически сознательные. «В наши дни все хотят хорошего самочувствия, и они смотрят на коренных американцев как на людей, которые все еще связаны с природой», — сказал Джон Банаки, волонтер, который сопровождает Гудмана в патрулях. «Они видят белый шалфей и хотят его. Вот почему рынок взрывается».

Небольшой заповедник, охраняемый Гудманом и Банаки, стал эпицентром этого рынка, где практически ежедневно весной и летом, когда белый шалфей лучше всего подходит для сбора урожая, поступают сообщения о браконьерстве.(VICE не называет заповедник, чтобы защитить его от дальнейшего браконьерства.) Только за последние три года полиция отправила туда вертолеты и собак-ищейщиков, зафиксировав десятки арестов и конфисковав несколько тонн растительного материала. «Это не просто ваши целостные владельцы магазинов, которые выходят и собирают», — сказал лейтенант Джефф Эллисон, представитель департамента шерифа округа Сан-Бернардино. «Это явно попытка заработать деньги».

Такая необузданная эксплуатация сильно задержала рост шалфея, который менее десяти лет назад рос по плечи, образуя непроходимые заросли, но теперь редко достигает высоты выше пояса.Когда я был там в январе, у каждого куста, который я видел, было несколько древесных рубцов, когда целые стебли были обрезаны. Хотя этот вид, Salvia apiana , еще не классифицирован как находящийся под угрозой исчезновения, United Plant Savers, некоммерческая природоохранная организация, поместила его в свой список «для наблюдения». Кэссиди Адлоф, этноботаник, написавший магистерскую диссертацию по сбору белого шалфея, сказал мне, что, помимо растущего спроса, этот вид сталкивается с угрозами из-за потери среды обитания и изменения климата. «Меня беспокоит коммерческий урожай», — сказал Адлоф.

Представитель семейства мятных, белый шалфей представляет собой выносливый кустарник с сужающимися серебристыми листьями, который, как и многие другие травы, при обрезке растет более энергично, но только до определенной степени. Этот вид все еще процветает в некоторых отдаленных и труднодоступных районах, в том числе в частной собственности, но большая часть его ареала сократилась до простых фрагментов. Вот почему браконьеры теперь нападают на заповедники, рискуя получить штрафы, а в некоторых случаях и тюрьму; за пределами заповедников, где сбор белого шалфея все еще разрешен, растение, когда-то обильное, становится все более дефицитным.Сборщики сорвали шалфей с обочин шоссе и пустырей — часто покрытых сажей и другими химикатами, которые покупатели не хотели бы сжигать в своих домах — и перегоняли грузовики через заборы, чтобы грабить шалфей с частных земель. Одна женщина из округа Риверсайд, расположенного на приличном расстоянии от заповедника, дважды вызывала полицию после того, как обнаружила, что злоумышленники срезают шалфей на ее территории.

Этот ажиотаж за белым шалфеем резко расходится с тем, как растение потребляется, предлагая поучительную историю для экономики здорового образа жизни, где добродетельные намерения пользователей могут быть подорваны безответственными поставщиками, и где даже многие продавцы шалфея не имеют представление об их воздействиях.За один уик-энд в июле среди людей, сжигающих белый шалфей в Instagram, были массажист из Пуэрто-Рико, риелтор из Мэриленда, владелец детской комнаты в Ханое, фотограф из Сиднея. Был ювелир в Гонконге и учитель йоги в Дублине. Студентка-медик из Чикаго рассказала мне, что размазывание принесло ей «мир, спокойствие и ощущение заземления», добавив: «Мне не приходило в голову, что я перенасыщена». В Швейцарии самопровозглашенная «практикующая магия хаоса» сказала, что она использовала шалфей «для очищения пространства», но недавно услышала, что этот вид находится под угрозой исчезновения.Парикмахер из Атланты, которая сейчас живет в Лос-Анджелесе, сказала мне, что использует белый шалфей с 2015 года, но только в прошлом году узнала, что это ритуал коренных американцев. «Я злилась на людей, которые учили меня, — сказала она, — за то, что они никогда не упоминали об этом».

Валенсия выросла в Лос-Анджелесе в латиноамериканской семье. «Мы были мексиканцами, — сказала она. Конец истории. Один из ее дедов время от времени делился историями и песнями о яки, группе племен, уходящих своими корнями в пустыню Сонора, но другие ее родственники, по ее словам, «боялись признать, кто мы такие.

Как и в Соединенных Штатах, быть идентифицированным как коренное население часто было опасно в Мексике, где племенные группы были порабощены и насильственно лишены земли — как в колониальную эпоху, так и после обретения независимости. В течение почти 400 лет испанские и мексиканские власти вели последовательные военные кампании против яки, включая несколько массовых убийств женщин и детей; как следствие, эти племена стали, как писал один историк в 1947 году, «вероятно, наиболее широко рассредоточенными североамериканскими индейцами.Тысячи яки бежали в Соединенные Штаты, где одно племя, паскуа яки, в конечном итоге было признано на федеральном уровне и получило землю в Аризоне. Тем не менее, Соединенные Штаты также были глубоко враждебны по отношению к коренным народам, от геноцидных войн до насильственной ассимиляции миссионерами.

Став старше, Валенсия начала сомневаться в своем происхождении. Она связалась со старейшинами племени, которые стали называть ее «Потерянной яки». Она обнаружила, что ее прабабушка была знахаркой и лечила травы.Об этом она спросила у старших родственников, но они отказались это обсуждать. Валенсия сказала, что без документации своей семейной истории она не смогла доказать, что она происходит от яки, или получить сертификат от Бюро по делам индейцев США; это позволило бы ей собирать местные растения для личного пользования, в том числе в заповедниках, хотя она сказала мне, что ее убеждения не позволили бы ей собирать шалфей с поврежденных растений. (Эсперанса Валенсуэла, научный сотрудник в офисе племени Паскуа Яки, рассказала мне, что опыт Валенсии — невозможность зарегистрироваться из-за того, что члены семьи отказываются от своих племенных корней — был «очень обычным».») В компании яки, по словам Валенсии, она часто чувствовала себя неловко, даже смущенно: «Здесь меня никто не знает. Я принадлежу?»

В свои двадцать с небольшим Валенсия познакомилась с активисткой коренных народов по имени Джулия Богани, которая начала приглашать ее на межплеменные женские церемонии. На одном из таких мероприятий Валенсия впервые размазалась. Старейшина зажег белый шалфей и взмахнул дымом орлиным крылом. «Мои клетки распознали запах», — сказала Валенсия сквозь слезы. «Это было похоже на: «Добро пожаловать домой.’”

В этот момент она почувствовала, что связана с духовным наследием, уходящим вглубь тысячелетий. Наряду с другими ароматными растениями, такими как кедр и душистая трава, белый шалфей сжигают для очищения и молитвы, что было запрещено федеральным законом до 1978 года. также собирают в коммерческих целях для получения палочек для смазывания, хотя спрос на них ниже, и этот вид более распространен, чем белый шалфей.) Эти традиции сохранились, несмотря на запретительное законодательство, и начали развиваться в 1950-х годах, когда правительство США разработало рабочие программы по привлечению коренных жителей в города. За десятилетие коренное население Лос-Анджелеса увеличилось более чем в четыре раза за счет мигрантов из племенных резерваций по всей стране. В условиях такого масштабного беспорядка белый шалфей «был принят городскими индейцами, потому что его было легко найти», пишут этноботаники Роуз Рамирес и Дебора Смолл. «Затем его использование распространилось по всей Северной Америке и приобрело общеиндийский статус.

Примерно в то же время в Калифорнии зародилось движение хиппи, что вызвало новый интерес к альтернативной медицине и духовности. Для недовольных детей послевоенной Америки индейская культура — а зачастую и стереотипы о ней — представляла собой альтернативу мейнстриму, от которого они стремились отказаться. Как сказал Рамирес в интервью этой зимой, «белый шалфей» был воспринят растущей аудиторией с периферии контркультуры хиппи, а затем «взорвался» в эпоху Нью-Эйдж 1980-х годов.Но только спустя десятилетия, с появлением социальных сетей и велнес-индустрии, завод стал коммерческим феноменом, каким он является сегодня.

«Это не то, что вы покупаете; это то, что вам дано»

В настоящее время Amazon предлагает более 1000 продуктов из белого шалфея, включая палочки для растушевки, благовония и эфирные масла. Существуют универсальные наборы для растушевки с перьями индейки и раковинами морского ушка (традиционно используемые для убаюкивания горящих листьев) и бездымные «распылители для растушевки», предположительно наполненные кристаллами.Есть кремы для тела, мыло, свечи, чаи. Есть комбо-упаковки с палочками Пало Санто, древесной породы из Латинской Америки. У Amazon даже есть руководство «Best Sage Smudging Kit» от компании, занимающейся аффилированным маркетингом. «Если вы хотите изменить ауру в своем доме, мы выделили для вас пять наборов для растушевки шалфеем», — начинается статья. «Проверьте их и будьте довольны своей новой энергией».

Это вопиющее превращение белого шалфея в товар оскорбительно для многих коренных жителей, которые видят в этом получение прибыли от традиционных знаний и угрозу устойчивости растения.«Это неуважение к моим предкам и ко мне самой», — сказала Джесса Кальдерон, исполнительница хип-хопа, которая провела обширную онлайн-кампанию против сетевых магазинов, продающих шалфей. «Это лекарства, которые мы использовали всегда».

В 2018 году Sephora удалила со своих полок «Стартовый набор для ведьм» после негативной реакции в социальных сетях; В том же году Anthropologie выпустила «Набор для размазывания домашних благословений». Тем не менее, белый шалфей по-прежнему доступен в крупных компаниях, таких как Whole Foods и Walmart, а также в бесчисленных интернет-магазинах, включая бесчисленные бутики на Etsy.Goop, возможно, исключил упоминание шалфея из своего информационного бюллетеня, но продолжает продавать «Набор для очистки и очистки пятен». «Люди хотят быть духовными. Они хотят быть чистыми», — сказал Кальдерон. «Но когда вы не понимаете чьего-то лекарства и не слушаете, что вы делаете?»

Многие местные пользователи считают, что белый шалфей вообще не должен продаваться. «Это не то, что вы покупаете; это то, что вам дано», — сказал Богани, наставник Валенсии. (Ее племя, Габриелино-Тонгва, признано штатом Калифорния, но не федеральным правительством; это означает, что она тоже не может по закону собирать местные растения на охраняемых территориях.) Традиционно, объяснила она, шалфей собирали с большой осторожностью, собирали вручную и возносили молитвы в знак благодарности; коммерческая уборка урожая проводится в спешке и с применением насилия, с помощью садовых ножниц и ножовок. «Эта земля — наша церковь, — сказал Богани. «Это как если бы я зашел в церковь и взял святой воды. Я бы взял что-нибудь из Божьего дома».

Недавно родственники Кальдерона отправились собирать шалфей за пределами Лос-Анджелеса. Когда они добрались туда, сказала она, «мудрец был изрублен.Семья Кальдерона осталась ни с чем: «Не было никакого уважительного способа собирать урожай дальше», — сказала она. Это стало проблемой для коренных жителей Южной Калифорнии: если не полного исчезновения, то потери доступа. Для Валенсии, которая обрела чувство принадлежности через шалфей, это может ощущаться как экзистенциальная угроза. «Обычно там, где мы собирали урожай, это больше невозможно», — сказала она. «Мудрец исчезает. Мы?»

Прежде чем стать рейнджером, Рон Гудман работал в плодоовощной промышленности, заключая экспортные сделки для калифорнийских фермеров; попутно он закупал ингредиенты для обеих инаугураций Рональда Рейгана на Западном побережье.Выйдя на пенсию, он стал волонтером в заповеднике недалеко от своего дома. После того, как он отработал более 4000 часов, ему предложили штатную должность. Сейчас, когда Гудману за шестьдесят, он загорелый и кожаный, с ужасными манерами, которые противоречат его строгости. В январе, когда я встретил его, у него были усы Халка Хогана с предыдущего Movember; он сохранил его, по его словам, «чтобы позлить жену».

В 2014 году, когда он начал работать волонтером в заповеднике, сбор шалфея был лишь незначительной проблемой, с инцидентами максимум раз в несколько недель, сказал он.Это медленно увеличивалось, пока около трех лет назад «все не взорвалось». Рейнджеры начали ловить браконьеров с 55-галлонными мусорными баками, наполненными шалфеем, которые позже перешли на использование больших камуфляжных спортивных мешков. В прошлом году Гудман и его команда зафиксировали несколько арестов на сумму более 1000 фунтов.

Один фунт белого шалфея, которого достаточно, чтобы заполнить бумажный продуктовый пакет, стоит около 30 долларов по текущим оптовым ценам. Розничные цены существенно выше. Лидер продаж белого шалфея на Amazon, компания Alternative Imagination, предлагает палочки для размазывания по цене около 40 долларов за фунт, а другие компании берут до 60 долларов.(Белый шалфей обычно оценивается по пачкам, а пачки различаются по размеру, что затрудняет сравнение для покупателей.) Таким образом, бюст в 1000 фунтов составляет 30 000 долларов, проданных оптом, или около 50 000 долларов по рыночной стоимости.

Из этих сумм, по словам полиции, сборщики зарабатывают не более нескольких долларов за фунт, но этого достаточно, чтобы вызвать эпидемию нелегальной добычи. По словам Гудмана, сборщики преимущественно латиноамериканцы; он считает, что многие из них — недавние иммигранты. (Каждый пятый человек в близлежащем регионе — иммигрант, по оценкам правозащитных групп, почти треть не имеет документов.) «Для многих парней, я думаю, это их единственная возможность», — сказал Гудман. «Проблема не в них, а в людях, которые им платят».

Большинство брендов, продающих белый шалфей, не собирают его сами, а закупают у сети оптовиков и посредников. Отследить связи между браконьерами и этими компаниями сложно и выходит за рамки возможностей местной полиции. «Мы обычно не назначаем для этого детектива», — сказал лейтенант Эллисон из отдела окружного шерифа.— У нас просто нет на это ресурсов.

Однако в небольшом сообществе людей, уделяющих внимание белому шалфею, одну компанию часто обвиняют в чрезмерном сборе урожая. Juniper Ridge — парфюмерный бренд из фантазии #VanLife, предлагающий собранные вручную ароматы американской дикой природы. Есть гель для душа Sierra Forest, одеколон Redwood Mist, коллекция натуральных ароматических палочек. Существует восемь разновидностей продукта из белого шалфея, включая вкладыши, палочки для растушевки, духи и чай.На сайте компании есть фотографии белых людей, пачкающих руки в красивых местах: альпийских склонах, раскисших тропах, замшелых набережных. «Мы создаем новую грамматику ароматов американского Запада», — говорится в разделе на странице «О нас».

Juniper Ridge утверждает, что жертвует 10 процентов своей прибыли на цели сохранения и говорит, что они собирают растения с «максимальной чувствительностью и уважением к существующему дикому ландшафту». Тем не менее, компанию, которая занимается как розничной, так и оптовой торговлей белым шалфеем, уже много лет обвиняют в чрезмерном сборе белого шалфея.Еще в 2015 году основатель Juniper Ridge, Холл Ньюбегин, почувствовал себя обязанным написать сообщение в блоге, защищая себя, утверждая, что белый шалфей можно «собирать устойчивым образом на неопределенный срок». По его словам, Juniper Ridge собирал шалфей только на частной земле, обвиняя в возникновении проблемы другие компании.

«Я, наверное, один из дюжины людей в мире, которые знают все бригады лесозаготовителей», — написал он. «Экипажи, которые расчищают поля белого шалфея, должны [sic] быть остановлены».

Я несколько раз пытался связаться с Newbegin; если он был честен, я думал, что он захочет поговорить с репортером.Я также хотел спросить о его встрече со Сьюзен Леопольд, исполнительным директором United Plant Savers, которая встретилась с ним в марте 2019 года, чтобы узнать, где Juniper Ridge получает шалфей. По словам Леопольда, Ньюбегин отвез ее в заповедник, где работает Рон Гудман, по-видимому, не подозревая, что сбор шалфея там незаконен. По ее словам, когда она бросила ему вызов, он изменил свою историю, сказав ей, что Джунипер-Ридж получает белый шалфей, выращиваемый на фермах.

Мне так и не удалось заполучить Newbegin.В июне этого года в возрасте 52 лет он упал с лестницы и сломал шею, умер от сердечной недостаточности после операции. Главный операционный директор Juniper Ridge Леа Фриттс написала мне по электронной почте, что Juniper Ridge «переходит на 100% выращивание белого шалфея», но смерть Ньюбегина задержала этот процесс. «Независимо от того, — сказала она, — мы всегда собирали белый шалфей с большой осторожностью».

Превращение белого шалфея из местного лекарственного средства в коммерческий продукт — не единичная история.В 1990-х годах диководы в Соединенных Штатах устремились на племенные земли, чтобы собрать эхинацею, традиционное растение коренных американцев, которое сегодня поддерживает мировой рынок на сотни миллионов долларов в год. В индейской резервации Форт-Пек в штате Монтана маклеры травяных компаний проводили соревнования, чтобы найти самый большой корень; местный шестилетний мальчик, занявший второе место на одном из таких мероприятий, рассказал газете резервации, что он «сильно усердно болел». Члены племени вскоре вступили в ожесточенные споры об урожае, который стал важным источником дохода, но также привел к упадку растения.Растущий спрос также привел к переманиванию федеральных резервов на Среднем Западе; в одном случае банда байкеров из Канзаса была замечена за выкапыванием эхинацеи в Южной Дакоте — они направлялись на митинг, и корни должны были профинансировать поездку.

Рост выращивания эхинацеи помог компенсировать часть этого спроса, но бесчисленное множество других видов по-прежнему находятся под угрозой коммерческого сбора. Объем мировой торговли лекарственными и ароматическими растениями в 2018 году оценивался в 3,3 миллиарда долларов, что почти в три раза больше, чем двумя десятилетиями ранее.Согласно недавнему отчету природоохранной некоммерческой организации Traffic, из примерно 26 000 видов растений с задокументированным использованием в медицинских или ароматических целях менее одной пятой были оценены на предмет угрозы сохранению. Целых 90 процентов торговли обеспечивается сборщиками диких животных, часто из сельских или бедных общин. Эта обширная и расширяющаяся отрасль работает в значительной степени без надзора, ее экологические и культурные издержки невидимы для большинства клиентов. Сотни видов находятся на грани исчезновения в дикой природе, в том числе растения, используемые для производства ладана и масла ши.

Брайони Морган является исполнительным директором FairWild Foundation, схемы сертификации дикорастущих растений, целью которой является продвижение справедливых трудовых стандартов и устойчивого сбора урожая. «Такова природа этих торговых сетей», — сказала она. «Там много посредников, много трейдеров. Часто люди понятия не имеют, откуда берутся дикие ингредиенты».

Прошлой зимой я начал связываться с компаниями, которые продают белый шалфей. Большинство отказались сообщить мне, откуда взялась их продукция. Интернет-магазин Sacred Eagle Imports, базирующийся в Англии, указал, что они импортируют белый шалфей от нескольких оптовых продавцов и не имеют механизмов, обеспечивающих устойчивые источники поставок.Канадская компания Bursera, которая рекламирует выращенный на фермах белый шалфей, заявила, что личность их поставщика является «конфиденциальной информацией». Альтернативное воображение также утверждает, что использует выращенный белый шалфей; Когда я позвонил в их магазин во Флориде, женщина по имени Элисон сказала, что они закупаются у «смесь мелких поставщиков и оптовиков», которые менялись в зависимости от того, «кто собирал урожай». Другие компании не были уверены, откуда взялся их белый шалфей, например, Moonbeams и Fairy Dust, магазин в Вирджинии, который предлагает палочки для размазывания, «экологически собранные коренными американцами.Когда я отправил электронное письмо, чтобы узнать подробности, владелец ответил: «Я покупаю их у другого продавца, который утверждает это. Честно говоря, я не знаю, как проверить эту информацию».

«Мудрец исчезает. Мы?»

Продавец, у которого она покупает, Windrose Trading, сообщает на своем веб-сайте, что его палочки для смазывания «постоянно собирают коренные американцы» и что «часть продаж идет на нужды резервационного кооператива коренных американцев». Я связался с компанией по телефону и по электронной почте, надеясь получить более подробную информацию, но так и не получил ответа.

Еще одним крупным оптовым продавцом белого шалфея является компания Native Scents, базирующаяся в Таосе, штат Нью-Мексико. Владелец — человек по имени Альфред Савинелли, который был замешан в крупном аресте ЛСД в 2000 году и утверждал в документальном фильме VICE 2017 года — как оказалось, вводящем в заблуждение — что он был пионером в курении галлюциногенной жабьей слизи. Поэтому я был заинтригован, но также и насторожен, когда в феврале он сказал мне, что он «изобрел рынок» для белого шалфея.

Сын отца-итальянца и матери-индейки, Савинелли сказал, что начал работать с лекарственными растениями в 1970-х годах, после того как прошел обучение у лидера лакота-сиу Арчи Хромого Оленя; потом он рассмеялся, как и на протяжении всей нашей беседы, и добавил: «Или это растения начали работать со мной?»

В 1980-х он начал собирать шалфей в горах недалеко от Санта-Барбары, часто разбивая лагерь на несколько недель.Сначала он работал соло; затем он набрал команду сборщиков, снабжающих торговцев по всему побережью. Его продажи росли до рубежа тысячелетий, когда, по его словам, белый шалфей «стал всемирным явлением». Он начал поставки по всему миру, в том числе на Ближний Восток, где, по его мнению, среди его клиентов были военнослужащие США.

«Я не видел за горизонтом того, чем станет этот рынок», — сказал он мне. «Шалфей превратился из чего-то особенного в товар». По его словам, спрос начал превышать предложение.«Эзотерическая мудрость коренных жителей стала причудой».

Это не помешало ему самому продать завод; только на той неделе он потратил 30 000 долларов на дикорастущий шалфей из Сан-Диего. «Думаю, можно сказать, что у меня смешанные чувства», — сказал он. Затем он изменил курс и встал на защиту дикорастущей охоты. Опасения по поводу шалфея были «необоснованными и неверными». Сбор урожая только ускорил его рост. Белый шалфей приносил доход маргинализированным сборщикам. Предложение было бесконечным, если бы вы знали, где искать.

В поисках более устойчивых источников белого шалфея я поехал на юг, чтобы встретиться с Эллен Вудворд и Кеном Тейлором, парой хиппи в возрасте 70 лет, которые утверждают, что являются первыми в мире коммерческими фермерами этого растения. Они живут к востоку от Сан-Диего, на краю пустыни Колорадо и менее чем в трех милях от мексиканской границы; тропы мигрантов вьются через гранитные холмы, за которыми наблюдают пограничники и частные ополченцы. Пейзаж скудный и милитаризованный, что делает вход в собственность Вудворда и Тейлора особенно неуместным: гигантская раскрашенная вручную доска в психоделических цветах, окруженная звездами, завитками и синестетическими каплями, с надписью SAGE WINDS FARM.

Я приехал после наступления темноты и подъехал к ферме, где меня встретили застенчивые дружелюбные собаки. Веранда была усыпана геранями и суккулентами. Там были колокольчики, кресла-качалки и табличка «Хиппи используют черный ход». Через окно я мог видеть, как Вудворд сгорбилась за компьютером, прижимая к плечу беспроводной телефон и энергично листая блокнот. Она крошечная, морщинистая, энергичная и совсем глухая; она имеет тенденцию говорить громко, поэтому я мог слышать все, что она говорила.

«Вы заплатили, когда делали заказ? Это очень необычно».

«Спорим, почти весь шалфей собран в дикой природе. На самом деле мы выращиваем шалфей».

«Вы знаете, что в Японии используют шалфей? Я думаю, они используют его, чтобы поглощать радиацию».

На ней была раскрашенная рубашка с длинными свободными рукавами, а ее белые волосы сияли в свете экрана. Когда она закончила, я постучал в окно, опасаясь, что напугаю ее, но она расхохоталась и распахнула дверь.

Внутри я встретил Тейлора, который постарше и потише, с редеющими волосами и белой бородкой, и еще нескольких собак, которые прыгали вокруг нас.Вудворд наорал на собак и задал мне вопрос: «Ты куришь травку? Мы горожане. Мы испаряемся. Мы собираемся сделать это прямо сейчас».

Утром, снова запустив испаритель, она показала мне ферму. Перед домом лежал участок около акра, на котором неровными рядами рос белый шалфей. Растения были кустистые и высокие, облетевшие пчелы, с пышными, мягкими, острыми побегами. В отличие от большинства культур в Калифорнии, белый шалфей адаптирован к ландшафту, требует мало воды и не требует удобрений.Также вид устойчив к вредителям. Вудворд ведет борьбу с сусликами и кроликами, затапливая туннели и расставляя ловушки, но в остальном, по ее словам, «мудрец сам о себе заботится».

Sage Winds сертифицирована как органическая с 2013 года — это первая такая ферма в Соединенных Штатах, говорит Вудворд. (Ее зять начал выращивать белый шалфей в Сан-Диего, как и две компании в Орегоне.) Позже мы потратили некоторое время на поиск органических палочек на Amazon. «Мы не продаем им, не продаем и им», — нахмурился Вудворд.«Чувак, это все ерунда!»

Вудворд вырос в семье представителей высшего среднего класса Новой Англии и учился в Школе дизайна Род-Айленда, но был исключен в 19 лет за аборт. Ее бойфрендом был черный мужчина по имени Эрик; вскоре после этого они поженились и переехали в Сан-Диего. «Так что моей семье было чем заняться», — сказала она мне. — На юге у нас во дворе горели бы кресты.

В 1980-х она стала художником по краске для галстуков, путешествуя по рынкам Нью-Эйдж по всей стране.Позже она начала собирать шалфей для продажи со своими рисунками. Но по мере того, как спрос рос, по ее словам, ее встревожили его последствия. «Дикие комбайны выезжают с большими грузовиками», — сказала она. «Они привозят дистилляторы для производства масла. Они хотят получить столько шалфея, сколько смогут».

Примерно в 2010 году она и Тейлор начали пытаться выращивать растение, используя семена белого шалфея, произрастающего естественным образом на их земле. Потребовалось три года проб и ошибок. «Вы должны понимать, как растет растение, — сказал Вудворд. «Вы должны собирать урожай очень уважительно.”

С тех пор их заказы выросли примерно до 70 000 долларов в год с клиентами по всему миру: в Новой Зеландии, Южной Африке, Германии, Монголии. Их самый большой рынок, кроме Соединенных Штатов, находится в Японии, где несколько компаний имеют постоянные заказы на сумму более 1000 долларов в месяц. «Спрос такой большой, и он продолжает расти», — сказал Вудворд. «Он используется как культура. Его нужно выращивать как культуру».

Не все согласны с тем, что фермерство — это решение; вместо этого некоторые пользователи начали выращивать растение дома.Коммерческое фермерство «подпитывает тот же рынок», — сказал рэпер Кальдерон. «Люди получают прибыль от того, от чего у них нет бизнеса».

Когда я спросил Тейлора, выросшего в Техасе, что он думает об этой критике, он грустно кивнул и сказал: «Я могу сочувствовать этому». Но, по его словам, учитывая масштабы спроса, сельское хозяйство было необходимо. «Мы добавляем к шалфею, а не убираем».

Несколько лет назад, по его словам, члены близлежащей резервации племени Кумейяай начали заказывать грязные палочки, иногда до 1000 штук в год.«Они рады, что мы занимаемся фармингом», — сказал Тейлор.

Марша Валенсия много лет пыталась вырастить шалфей. Растения каждый раз умирали. Она продолжала собирать дикий урожай, обходясь меньшими затратами; вместо того, чтобы сжигать связки, она начала сжигать отдельные листья.

Но, столкнувшись с Роном Гудманом в заповеднике почти год назад, Валенсия нашла новый способ получить доступ к заводу. Угрожая арестовать ее, Гудман попросил ее встретиться с ним на следующий день. Он прибыл с мешком конфискованных вырезок.Валенсия отнесла шалфей к своему очередному женскому кругу, где его высушили и тщательно завернули. Но сначала они провели церемонию очищения листьев, молясь и играя туземную музыку. «Энергия все еще присутствует — этот порыв, резка и рубка», — сказал Валенсия. «Мы приносим извинения заводу и объясняем, что произошло».

Гудман начал звонить в Валенсию каждый раз, когда происходил арест. Она начала раздавать шалфей местным организациям по всему региону, включая школы, реабилитационные центры и группы поддержки тюрем, а также членам непризнанных на федеральном уровне племен.«Это как горячая линия», — сказала она. «Этот мудрец должен двигаться». На сегодняшний день Гудман предоставил ей сотни фунтов стерлингов.

Гудман сказал мне, что его взгляд на заповедник изменился после встречи с ней. «Это их священная земля; мы справляемся с этим», — сказал он. Он пошутил, когда я был там, о желании посетить племенную церемонию — трудно представить, но его намерение казалось искренним.